Toisinaan sitä kutsutaan sisäisesti tehokkaiksi markkinoiksi, mutta operatiivinen tehokkuus on tilanne markkinoilla, joissa sijoittajat, jotka ostavat ja myyvät kyseisillä markkinoilla, voivat tehdä sen hinnalla, jota pidetään oikeudenmukaisena näille sijoittajille. Tämäntyyppinen allokointitehokkuus itse asiassa auttaa viemään markkinoita eteenpäin, koska se auttaa varmistamaan, että kaikki näille markkinoille osallistuvat ovat tyytyväisiä osallistumispäätöksestä aiheutuviin kustannuksiin. On tärkeää huomata, että tietyt sijoittajat voivat pitää markkinoita tehokkaina, mutta toiset pitävät niitä erittäin tehottomina.
Esimerkki siitä, miten operatiivinen tehokkuus markkinoilla toimii, on harkita markkinoita, joilla kaupoista peritty palkkio oli kiinteä korko, eikä sen perusteella, kuinka paljon osakkeita oli kaupassa. Sijoittajille, jotka haluavat ostaa ja myydä suuria osakkeita, tämä kiinteä maksu toimii erittäin hyvin, paljon enemmän kuin osakkeiden lukumäärään perustuva maksu. Näille sijoittajille markkinoiden operatiivinen tehokkuus nähdään melko korkeana. Tämän seurauksena heitä kehotettaisiin tekemään enemmän kauppoja säännöllisesti, mikä stimuloi markkinapaikkaa.
Samalla tämä kiinteä provisio voi estää pienten sijoittajien investointitoimintaa. Koska nämä sijoittajat tekisivät todennäköisemmin kauppoja, jotka liittyivät parittomiin eriin tai arvopapereihin, jotka ovat alle sata osaketta, tai hankkisivat useita parillisia satoja osakkeita, palkkiosta ei aiheudu kustannussäästöjä käydä useampaa kauppaa. Koska kaupankäyntikustannukset eivät ole niin houkuttelevia kuin se olisi, jos normi olisi osakkeiden lukumäärään perustuva kelluva palkkio, pienemmät sijoittajat pitäisivät markkinoiden tehokkuutta todennäköisesti jonkin verran alhaisena.
Yksi tekniikan vaikutuksista ja kyvystä suorittaa kauppoja verkossa on se, että kaupankäyntimaksut ja palkkiot ovat paljon pienempiä kuin aiemmin. Tämä tarkoittaa sitä, että pienemmät sijoittajat voivat joskus tehdä kauppoja, joissa kustannusten katsotaan vastaavan kaupanteosta koituvia hyötyjä. Tämä on jossain määrin auttanut parantamaan monien sijoitusmarkkinoiden toiminnan tehokkuutta, koska alhaisemmat palkkiot mahdollistavat useiden kaikenkokoisten ja -tyyppisten sijoittajien aktiivisen osallistumisen ilman, että niistä aiheutuu kohtuuttomia kustannuksia.
Säännösten muutoksilla voi joskus olla vaikutusta markkinoiden toiminnan tehostamiseen. Yksi esimerkki on Yhdysvaltojen Commodity Futures Trading Commissionin vuonna 2000 toteuttamat toimet. CFTC: n uusi päätös antaa rahamarkkinarahastoille mahdollisuuden täyttää vakuusvaatimukset, joissa kerran vain käteistä pidettiin tukikelpoisena. Vaikka tämä muutos jäi monien sijoittajien huomaamatta, sillä oli vaikutusta futuurimarkkinoiden toiminnan tehostamiseen, koska se pienensi osto- ja myyntikustannuksia näillä markkinoilla.