Magisterium on uskonnollinen elin, joka esiintyy voimakkaasti Philip Pullmanin Hänen tummien materiaaliensa fantasiaromaaneissa. Ryhmä on suunnilleen samanlainen kuin katolinen kirkko maailmassa, vaikka sillä on joitain keskeisiä eroja.
Lyran kirkon maailmanhistoriassa asiat näyttävät menneen suunnilleen samalla tavalla kuin meidän maailmassamme, kunnes John Calvinin aikaan, josta tällä vaihtoehtoisella aikajanalla tuli paavi. Vaikka maailmassamme John Calvin oli tärkeä protestanttinen ajattelija, joka asettui Geneveen, Lyran maailmassa ei ilmeisesti ollut todellista protestanttista uskonpuhdistusta, ja sen sijaan kirkko yksinkertaisesti omaksui monia protestanttisia ihanteita.
Paavi John Calvin muutti kirkon toimipaikan Geneveen ja aloitti hajauttamisprosessin. Kun hän kuoli, paavinvalta itse lakkautettiin ja Magisteriumista tuli paljon byrokraattisempi, vähemmän keskitetty elin. Maisteri hallitsi tiukasti yhteiskuntaa, ehkä siksi, ettei protestanttisen ja katolisen jaon välillä ollut myllerrystä, ja kirjojen aikana se on säilyttänyt vallan suurimman osan yhteiskunnasta.
Magisterium on näiden kirjojen perimmäinen poliittinen, sosiaalinen ja uskonnollinen elin. Se määrää, mitä voidaan opettaa, hallitsee suurinta osaa maailman hallituksista ja reagoi raa’asti eri mieltä oleviin. Magisterium on selkeästi uskonnollinen järjestö, ja sillä on monia yhtäläisyyksiä katoliseen kirkkoon inkvisition aikana.
Hajauttamisensa vuoksi Magisterium on myös täynnä poliittisia taisteluja. Eri ryhmät taistelevat suuremmista voimista, ja niitä pelataan usein toisiaan vastaan. Kirjassa kävi ilmi, että Magisteriumin eri ryhmät salaavat tietoja toisiltaan edistääkseen omia poliittisia tavoitteitaan. Kolme tehokkainta näistä ryhmistä näyttää olevan yleinen puolustuslautakunta, Pyhän Hengen työn seura ja Consistorial Court of Discipline.
Yleinen objektiivilautakunta toimii ex cathedra monin tavoin, eikä se näennäisesti ole vastuussa Consistorial Court of Disciple -oikeudelle eikä millekään muulle organisaatiolle. Heidän ensisijainen tehtävänsä on tuhota pöly, jota pidetään synnin fyysisenä ilmentymänä. Tavoitteensa saavuttamiseksi heille annetaan vapaat kädet ja heillä on valtava valta.
Consistorial Court of Discipline on nimensä mukaisesti Magisteriumin kurinpidollinen haara. He tutkivat kaikki harhaoppia koskevat väitteet ja heillä on vapaus rangaista ja tappaa niin kuin parhaaksi näkevät. Court on pieni, tiivis ryhmä, jota johtaa kaksitoista fanaattista pappia, jotka näkevät työnsä pitävän Magisteriumin puhtaana.
Pyhän Hengen työn seura on Magisteriumin tutkimushaara. Kun kurinpitoneuvosto syyttää ihmisiä harhaopista ja rankaisee heitä sen mukaisesti, Pyhän Hengen työn seura ryhtyy tutkimaan harhaoppia ja luokittelemaan heidät. Ne ovat pohjimmiltaan tieteellinen järjestö, vaikka ne toimivat Magisteriumin opin tiukoissa rajoissa. He tutkivat esimerkiksi Dustin luonnetta ja monia muita universumeja, vaikka itse opetuslaitos pitää näitä asioita harhaoppisina.
Magisterium esitetään hieman eri tavalla kirjoissa ja ensimmäisen kirjan The Golden Compass elokuvasovituksessa. Kirjoissa tehdään hyvin selväksi, että Magisterium on yksinkertaisesti analoginen katoliselle kirkolle maailmassa, vaikkakin hieman julmempi, voimakkaampi kirkko. Elokuvassa tätä yhteyttä vähätellään, ja Magisterium näyttää olevan fiktiivisempi runko, ehkä vähentäen kirkon ryhmien vastatoimia.