Useimmat munasarjakystat häviävät itsestään, eivätkä tarvitse leikkausta. Ne, jotka vaativat kirurgista poistoa, ovat yleensä suuria, syöpäisiä, erittäin kivuliaita tai kiinteitä. Leikkauksen aikana tehdään viilto, kysta poistetaan ja kudos testataan, jos epäillään syöpää. Alueen sulkemiseen käytetään joko niittejä tai ompeleita, ja kipulääkkeitä tarjotaan vatsavaivojen hoitoon, jotka yleensä tulevat tämän hoidon mukana. Vaikka munasarjakystan leikkaus kestää yleensä vain pari tuntia, sairaalassaoloaika on tyypillisesti vähintään kolme päivää, minkä jälkeen toipumisaika on enintään neljä viikkoa.
Tällainen hoito munasarjakystille on yleensä viimeinen keino, koska kaikkiin leikkauksiin liittyy riskejä, vaikka ne ovat edelleen melko harvinaisia. Potilaat voivat kokea komplikaatioita, kuten liiallista verenvuotoa, infektiota, hedelmättömyyttä, verihyytymiä ja tarvetta poistaa munasarjat, minkä vuoksi munasarjakystaleikkaus ei yleensä ole ensimmäinen tarjottava hoito. Ennen leikkauksen aikataulua useimmat lääkärit suorittavat fyysisen kokeen, ultraäänen, CT -skannauksen sekä virtsa- ja verikokeet, jotta voidaan mainita muutamia yleisiä tarvittavia seulontoja. Lisäksi veren ohentimet ja tulehduskipulääkkeet, kuten aspiriini, on lopetettava väliaikaisesti, koska ne voivat aiheuttaa haittavaikutuksia munasarjakystan leikkauksen jälkeen.
Useimmat lääkärit käyttävät yleisanestesiaa leikkauksen kivun estämiseksi ja jatkavat leikkaamalla vatsaan. Alueen lihakset erotetaan ensin ja verisuonet siirretään pois tieltä, jotta lääkäri voi poistaa kysta. Jos epäillään syöpää, osa kudoksista voidaan myös poistaa tällä hetkellä testattavaksi. Vatsalihakset ommellaan yleensä ylös, ja ensimmäinen viilto suljetaan tyypillisesti joko niitteillä tai ompeleilla. Lopuksi nesteitä ja lääkkeitä annetaan laskimonsisäisesti heti munasarjakystan leikkauksen jälkeen.
Vaikka vatsakivun pitäisi kadota noin kymmenen päivän kuluessa, toipumisaika voi kestää jopa neljä viikkoa. Tänä aikana viilto on puhdistettava säännöllisesti saippualla ja vedellä ja jalkoja liikutettava varovasti tavalliseen tapaan verihyytymien estämiseksi. Useimmissa tapauksissa potilaat voivat palata tavalliseen rutiiniinsa, kun he tuntevat sen, vaikka rasittavaa toimintaa tulisi välttää jopa kuuden viikon ajan. Useimmat lääkärit ilmoittavat potilailleen, kun he ovat täysin parantuneet munasarjakystan leikkauksesta ja voivat palata tavalliseen toimintaansa.