Palkkarekisterit ovat paperiversioita tai sähköisiä asiakirjoja, jotka tallentavat kaikki tiettyyn palkkalaskelmaan liittyvät vähennykset. Palkkarekisteriin sisältyvät tiedot mahdollistavat sen, miten bruttopalkka ja -palkka lasketaan, minkä tyyppiset vähennykset tehdään jokaiselle palkanlaskijalle ja jokaisen vähennyksen määrä. Palkkarekisteri on yleensä rakennettu monisarakkeiseen muotoon, mikä helpottaa tietojen ymmärtämistä ilman suuria ongelmia.
Palkkarekisteriin kirjataan kaikki bruttopalkasta tehdyt verovähennykset. Useimmissa maissa rekisteri sisältää liittovaltion verot, jotka pidätetään kyseisen ajanjakson palkasta. Jos tehdään muita liittovaltion vähennyksiä, kuten kansallinen terveydenhuoltojärjestelmä tai jonkinlainen valtion tukema eläkeohjelma, nämä luvut luetellaan myös rivikohtina. Kun kyseiset lainkäyttöalueet arvioivat myös valtion tai paikallisia veroja, työnantajat yleensä pidättävät nämä summat työntekijän puolesta ja luettelevat nämä luvut myös kirjanpidon palkkarekisteriin.
Verojen ohella palkkarekisteri sisältää myös kaikki muut sovellettavat vähennykset. Esimerkiksi jos työntekijä on jostain syystä irtisanomisen kohteena, tämä summa luetellaan vähennyksenä bruttopalkasta. Tilanteissa, joissa työntekijä käyttää suoraa talletusta sijoittaakseen osan tuloistaan säästötilille, myös tämä tieto tulee näkyviin. Jos työntekijä on saanut ennakkoa palkasta tai palkasta, jokainen siitä suoritettava maksu näkyy vähennyksenä rekisterissä.
Rivikohdat, kuten vähennykset erilaisista työnantajan tarjoamista eduista, näkyvät myös palkkarekisterissä. Jos esimerkiksi työnantaja tarjoaa sairausvakuutuksen, jossa työntekijä maksaa prosenttiosuuden vakuutusmaksusta, vähennys tästä prosenttiosuudesta kirjataan palkkarekisterilomakkeeseen. Samalla tavalla, jos työntekijä suorittaa maksuja minkä tahansa työnantajan tarjoamaan eläkeohjelmaan, nämä vähennykset näkyvät myös asiakirjan rivikohtina.
Nykyään palkanlaskennan käsittelyssä käytettävä kirjanpito -ohjelmisto pystyy yleensä luomaan palkanlaskentarekisterin, kun palkanlaskenta on valmis halutun ajan. Lisäksi ohjelmisto mahdollistaa rekisteriraportin luomisen halutulta ajalta. Tämä tarkoittaa, että raportti voi kattaa yhden palkkakauden tai koota yhtä helposti tietoja koko kuukaudesta, vuosineljänneksestä, puolivuotiskaudesta tai vuosikaudesta. Mahdollisuus luoda helposti rekisteri mille tahansa kestolle voi olla erityisen hyödyllistä tarkastusten aikana sekä silloin, kun virkamiehet haluavat tarkastella tarkasti palkkoihin, etuuksiin ja etuuksiin liittyviä kustannuksia pidemmän ajan kuluessa.