Paras tapa puhdistaa patja on imuroida se. Patjoja ei saa koskaan kyllästää puhdistusaineilla tai vedellä, koska kosteus voi kerrostua kerroksessa. Patjapehmusteet ovat paras tapa pitää patja puhtaana ja ilman tahroja ja kosteutta, joka voi johtua roiskeista ja onnettomuuksista.
Vedenpitävä patjapehmuste voi pelastaa henkilön joutumasta koskaan yrittämään puhdistaa tahroja ja/tai hajuja, koska se estää mitään pääsemästä patjaan. Vedenpitävät tyynyt on käsitelty kangassuojalla ja ne kestävät värjäytymistä ja kylläisyyttä. Niitä on saatavana kaikenkokoisina ja kierteinä, ja ne voidaan pestä koneessa ja kuivata.
Käsipölynimuria tai imuria lisälaitteilla voidaan poistaa lika ja roskat patjasta. Valmistajat suosittelevat imurointia ainoana menetelmänä patjan puhdistamiseen. Sekä patja että laatikkojousi tulee imuroida säännöllisin väliajoin.
Monet asiantuntijat ehdottavat patjan kääntämistä ja kääntämistä kolmen kuukauden välein. Se voidaan tehdä imuroinnin jälkeen ja auttaa patjaa kulumaan tasaisemmin. Henkilö voi kääntää patjan ympäri ja kääntää sen ympäri niin, että missä hänen päänsä kerran lepäsi, hänen jalkansa ovat nyt. Ruokasoodaa voidaan ripotella patjalle ja laatikkojouselle noin 30 minuuttia ennen imurointia hajujen poistamiseksi.
Jos joskus tulee tarpeelliseksi poistaa pieni tahra patjasta, saippuavettä voidaan käyttää erittäin säästeliäästi. Puhdistusta käyttävän henkilön tulee käyttää vain hyvin pieni määrä kylmää vettä ja mietoa pesuainetta. Alueen tulee olla täysin kuiva ennen lakanoiden laittamista, ja ihanteellisessa tapauksessa patjansuoja tulisi laittaa päälle ennen kuin puhtaat lakanat lisätään kuivattuun patjaan. Kuivapesuaineita ei tule käyttää, koska voimakkaat kemikaalit voivat pilata patjan materiaalit.
Jos patja kastuu, voi kestää monta pyyhettä imeäkseen kaiken kosteuden. Kissanhiekkaa voidaan käyttää myös nesteen imeytymiseen, mutta sen puhdistaminen voi olla sotkuista. Jauhemainen pesuaine tai ruokasooda, johon on sekoitettu pieni kylmä vesi, patjan päälle harjalla tai sienellä, on hyvä tapa raikastaa ja puhdistaa virtsaan kastettu patja. Patjan on kuitenkin ensin oltava lähes melkein kuiva, tai muuten jauheet muodostavat sotkuisen tahna.
Jos mahdollista, henkilön tulisi patja olla ulkona auringonpaisteessa tai sähkötuulettimen kanssa niin, että se on täysin kuiva ennen kuin se asetetaan takaisin sängylle. Kuivaus voi kestää koko päivän, joten on hyvä, että henkilö aloittaa varhain aamulla, jotta patja on kuiva iltaan mennessä.