Paras tapa säilyttää laatikoita riippuu tyypillisesti säilytettävien laatikoiden tyypistä, säilytyspaikasta ja jos ne täytetään varastoinnin aikana. Pahvilaatikot säilytetään yleensä parhaiten litistämällä ne ja pinoamalla ne sitten tai säilyttämällä ne kyljillään. Säilytettäessä laatikoita ulkoalueella tai paikassa, joka voi olla alttiina sääolosuhteille, kuten sateelle, ne on säilytettävä tavalla, joka suojaa niitä vaurioilta. Täyslaatikoiden säilyttämiseksi on usein parasta pinota laatikot päällekkäin siten, että niiden sisältö ei vahingoitu.
Laatikoiden säilyttämiseen voidaan käyttää erilaisia menetelmiä, yleensä riippuen materiaaleista, joista laatikot on valmistettu. Esimerkiksi pahvilaatikot voidaan litistää avaamalla ne, mikä voi vaatia nauhan leikkaamista. Tämä helpottaa säilytystä ja sallii laatikoiden vievän vähemmän tilaa säilytyksen aikana. Toisaalta muovilaatikot voidaan usein yksinkertaisesti pinota yhteen. Joissakin säilytysjärjestelmissä on erikokoisia laatikoita, jolloin joku voi säilyttää laatikot toistensa sisällä vaatiakseen vähemmän tilaa.
Laatikoiden säilyttämiseksi ulkona, kuten vajalla tai erillisessä autotallissa, on usein parasta ottaa huomioon mahdolliset vaurioiden lähteet. Pahvilaatikot on yleensä säilytettävä maanpinnan ulkopuolella; muutaman puulaudan käyttäminen korotetun alustan tekemiseen voi estää laatikoiden vesivahingot. Tämä on erityisen tärkeää, kun joku haluaa säilyttää laatikoita ulkona, joissa on vielä esineitä sisällä.
Paras tapa säilyttää edelleen käytettävät laatikot on yleensä pinota laatikot päällekkäin. Tämä on yleensä tehtävä suurimpien ja raskaimpien laatikoiden alaosassa ja peräkkäin kevyempien ja pienempien laatikoiden kanssa. Raskaammat laatikot kevyempien laatikoiden päällä voivat johtaa murskaukseen ja vaurioittaa kevyemmän laatikon sisältöä, ja suuremmat laatikot pienempien laatikoiden päälle voivat johtaa pinon kaatumiseen. Muovilaatikoissa on usein pohja, joka voi pinota helpommin tällaisten laatikoiden kansien päälle, mikä tekee näistä laatikoista paitsi kestävämpiä kuin pahvi, mutta myös helpompi pinota turvallisesti.