Pehmeiden järjestelmien metodologia on prosessi, jota käytetään käsittelemään tilanteita, joissa ei ole määriteltyä menettelyä. Nämä tilanteet ovat usein vaikeita tai monimutkaisia ja niissä on askeleita, joihin vaikuttavat voimakkaasti esimerkiksi mielipiteet, kulttuuri, tilanteen tai ympäristön tuntemus. Tässä menetelmässä esitetään säännöt, joita käytetään prosessin määrittämiseen ja tavoitteiden saavuttamisen aloittamiseen. Useimmissa tapauksissa nämä menetelmät perustuvat ihmisen järjestelmiin ongelmien määrittämisessä ja ratkaisujen löytämisessä matemaattisten tai tieteellisten järjestelmien sijaan.
Toisin kuin monet uskovat, pehmeiden järjestelmien menetelmät viittaavat suunnitelman määrittämiseen käytettäviin menetelmiin, eivät järjestelmiin. Pehmeä ongelma on sellainen, joka koostuu määrittelemättömistä näkökohdista, kuten psykologiasta tai kulttuurisesta identiteetistä, kun taas vaikea ongelma käyttää määriteltäviä lukuja ja toistettavia kokeiluja. Samalla tavalla pehmeä lähestymistapa käyttää pehmeitä järjestelmiä, kun taas kova lähestymistapa käyttää kovia järjestelmiä. Vaikka ongelmassa käytettäisiin kovia järjestelmiä, pehmeiden järjestelmien metodologiaa voidaan silti käyttää lähestymistapana ongelman ratkaisemiseen.
Perusosa pehmeiden järjestelmien metodologiaan on havainto. Tapa, jolla katsojat näkevät ongelman, määrittelee perustapan, jolla he lähestyvät sitä. Jos kaksi ihmistä on asetettu työskentelemään projektin parissa, heidän näkökulmansa määrittelee projektin työskentelyn aikana. Tämä tarkoittaa sitä, että kaksi ihmistä, jotka katsovat asiaa eri näkökulmista, eivät ehkä pysty suorittamaan jotain yhteisen kielen puutteen vuoksi.
Esimerkiksi jos tehdas syttyisi palamaan ja katsojat olisivat ympäristönsuojelija, yrityksen johtaja ja palomies, kolmella ihmisellä olisi radikaalisti erilainen näkemys toiminnasta. Ympäristönsuojelija tarkasteli ensin tulipalon ekologisia vaikutuksia savun, polttavien kemikaalien ja mahdollisesti vaarallisen veden valumisen kautta. Liikemies miettii sitä menetetyn tuotannon ja laitteiston korvauskustannusten suhteen. Lopuksi palomies löytää nopeimman ja tehokkaimman tavan estää tulen leviäminen ja sen sammuttaminen. Eri näkökulmat johtavat ongelmaan löytää yhteinen perusta ja siten pysähtynyt projekti.
Käyttämällä pehmeiden järjestelmien menetelmiä ongelmanratkaisijat voivat yrittää luoda yhteisen näkökulman kaikille osapuolille. Ensimmäinen askel on löytää jotain, josta kaikki ovat samaa mieltä ja käyttää sitä tukikohtana. Esimerkiksi yllä olevassa esimerkissä kaikki haluavat tulen sammutuksen. Sieltä ihmiset voivat määritellä tarvittavat vaiheet siirtyäkseen yhteisestä maasta lopulliseen tavoitteeseen. Näin jokainen osapuoli voi ilmaista hyväksyntänsä tai suunnitelluissa vaiheissa esiintyvät ongelmat.