Penektomia on leikkaus kokonaan tai kokonaan. Tämä leikkaus voi olla tarpeen peniksen syöpäkudoksen poistamiseksi, tai se voidaan valita osana sukupuolenvaihdoleikkausta. Harvoissa tapauksissa penectomia suoritetaan vahingossa ympärileikkauksen aikana.
Penektomia tai peniksen amputointi on yleinen peniksen syövän hoito. Jos mahdollista, kirurgi pyrkii jättämään mahdollisimman suuren osan peniksestä ehjäksi. Leikkausta, jossa vain osa peniksestä poistetaan, yleensä vain kärki, kutsutaan osittaiseksi penektomiaksi ja sen avulla mies voi jatkaa virtsaamista seisomaan ja saada täydellisen, vaikka muuttuneen sukupuolielämän. Mies, jolla on osittainen penectomia, voi silti saada erektion ja siemensyöksyn, vaikka peniksen herkin osa puuttuu. Silti seksielämä penectomian jälkeen voi olla haastavaa ja hyötyy avoimista viestintäyhteyksistä kumppaneiden välillä ja puhumisesta seksuaalisen tukiterapeutin kanssa.
Radikaalin penektomian aikana koko penis poistetaan kärjestä lantion sisäpuolelle. Syöpäpotilailla voidaan myös poistaa imusolmukkeet nivusiin syövän leviämisen estämiseksi muualle kehoon. Miehet, joilla on tämä leikkaus, kulkevat virtsaa virtsaputken uuden aukon läpi, joten heidän tavalliset kylpytapansa voivat muuttua. Näiden miesten on ehkä myös kokeiltava löytääkseen tapoja tyydyttävään seksielämään leikkauksen jälkeen.
Peniksen syöpä on harvinaista Etelä -Amerikassa ja Afrikassa ja erittäin harvinaista Euroopassa ja Pohjois -Amerikassa. Syöpä on tyypillisesti okasolusyöpä, joka on peräisin glansista, verisuonten osasta peniksen päässä tai esinahasta. Oireita ovat kyhmy peniksessä, punoitus, ärsytys tai kipu peniksessä.
Riippuen siitä, kuinka suuri osa peniksestä vaikuttaa, potilas voi saada vain kasvaimen ja pienen määrän tervettä ympäröivää kudosta, mutta amputaatio on tehokkain hoito. Potilas saa myös sädehoitoa syövän leviämistä vastaan. Osittaisten tai täydellisten penektomioiden harvinaisia mutta mahdollisia komplikaatioita ovat jatkuva peniksen epämukavuus, lisääntynyt herkkyys, heikentynyt herkkyys, vaikeus ylläpitää erektiota ja infektio.
Joskus, mutta ei yleensä, peniksen amputaatio on osa trans -naisten vaginoplastiaa. Yleisempää leikkausta kutsutaan peniksen inversioksi, jossa vain erektiokudos poistetaan, kun taas suolisto pysyy ehjänä ja sitä käytetään joskus klitoriksen rakentamiseen. Loput peniksestä käännetään kehoon simuloidun emättimen muodostamiseksi. Toinen vaginoplastian tyyppi, colovaginoplasty, vaatii penectomian ja käyttää paksusuolen osaa emättimen kanavan simuloimiseksi. Tämä on paljon riskialttiimpi leikkaus, ja lääkärit eivät halua tehdä sitä, jos on olemassa jokin muu vaihtoehto.