Peniksen amputaatio on peniksen täydellinen tai osittainen poistaminen kehosta. Se voi johtua loukkaantumisesta, sairaudesta tai pahoinpitelystä, mutta jos katkaistu osa säilytetään, uudelleenkiinnitys on mahdollista, kun toiminta on lähes täysin palautunut. Joissakin tapauksissa peniksen amputointi suoritetaan leikkauksella pakottavista lääketieteellisistä syistä tai osana sukupuolten välistä prosessia. Kaiken kaikkiaan se on harvinaista nykyaikana.
Aiemmin voitokkaat sotilaat amputoivat joskus voitettujen vastustajiensa penikset palvelemaan pokaalin ottamista ja tappojen laskemista sekä osoittivat voittajan paremmuutta. Vaikka käytännöstä raportoidaan aika ajoin jopa nykyaikaisten sotien aikana, siitä ei ole tullut vakiokäytäntöä.
Kirurgista peniksen amputaatiota – penektomiaa – voidaan joskus vaatia tietyissä olosuhteissa, aina viimeisenä keinona. Tietyt syöpätyypit voivat johtaa esimerkiksi penektomiaan, ja harvinaisissa tapauksissa väärin tehdyt ympärileikkaukset voivat lopulta johtaa penektomiaan. Seksuaalisen uudelleensuuntauksen leikkaus ei sitä vastoin yleensä vaadi täydellistä peniksen amputaatiota, vaan pikemminkin peniksen muodostamista uudelleen emättimen osiksi. Jos tämä ei ole mahdollista, voidaan kutsua toimenpide, jota kutsutaan kolovaginoplastiaksi ja joka vaatii peniksen täydellisen poistamisen.
Peniksen vamma on yleisin syy kirurgiseen peniksen amputointiin. Peniksen murtuma tai muu vamma sukupuolisuhteiden aikana näyttää olevan yleisin peniksen vamman muoto, jota seuraa ampuma- ja puukotushaavat, joita esiintyy useimmiten taistelun aikana. Itsetyydytyksen aikana sattuneet onnettomuudet aiheuttavat myös huomattavan määrän siittivammoja. Yksimielisyys on, että seksuaaliseen toimintaan liittyvistä peniksen vammoista raportoidaan liian vähän mahdollisen hämmennyksen vuoksi, erityisesti masturbaatiotapauksissa.
Peniksen amputointi, täydellinen tai osittainen, voidaan vaatia myös ääritapauksissa priapismissa, tuskallisessa tilassa, jossa erektio ei vähene. Lääketieteellinen kirjallisuus dokumentoi priapismitapauksia miehillä, jotka käyttävät tiettyjä lääkkeitä yhdessä erektiohäiriöiden lääkkeiden kanssa. Useimmissa tapauksissa tällaiset erektiot voidaan peruuttaa vähemmän äärimmäisillä toimenpiteillä, mutta täydellinen tai osittainen penektomia voidaan osoittaa äärimmäisissä tilanteissa.
Yleisin peniksen amputointi on traumaattinen, vaikka se on edelleen melko harvinaista. Yleensä se on intohimon rikos, jonka puolisot tai rakastajat ovat tehneet kostoksi uskottomuudelle, se tapahtuu useammin kehittyneissä maissa kuin teollistuneessa lännessä. Ajoittain tapauksesta tulee kuuluisa taustalla olevien olosuhteiden uuden elementin vuoksi. Esimerkiksi 20 -luvun loppua kohden eräs amerikkalainen nainen nimeltä Lorena Bobbit poisti aviomiehensä peniksen veistämällä miehensä peniksen ja heitti sen jälkeen urut kentälle. Tämän tilanteen sensaatiomainen elementti oli se, että leikattu penis otettiin talteen ja kiinnitettiin uudelleen, ja hänen miehensä ilmoitti myöhemmin, että elin oli palautunut täyteen toimintaansa. Penis voidaan kiinnittää onnistuneesti uudelleen 16 tunnin kuluessa tai hieman pidempään, jos se on pakattu jäähän.