Peptidiantigeeni on peptidin käyttö, joka laukaisee eläimen immuunijärjestelmän kehittämään vasta -aineita kyseiselle peptidille. Peptidit ovat aminohappojen lyhyitä merkkijonoja; pidemmät ketjut tunnetaan proteiineina. Peptidiantigeeniä voidaan käyttää osana rokotteen kehittämistä.
Peptidit ovat orgaanisia molekyylejä, jotka koostuvat typestä, hapesta, hiilestä, vedystä ja yleensä rikistä. Ne ovat aminohappoketjuja ja niitä yhdistää peptidisidos. Peptidisidokset ovat kahden vierekkäisen aminohapon NH2- ja COOH -ryhmien sidoksia.
Antigeeni on molekyyli, joka sitoutuu vasta -aineeseen ja synnyttää immuunivasteen, kehon reaktion vieraisiin molekyyleihin. Immuunijärjestelmä ei kykene tunnistamaan kaikkia molekyylityyppejä. Proteiinit, peptidit ja sokeriketjut voivat toimia antigeeneinä.
On myös ihmisen antigeenejä. Näitä ovat proteiinit, joita on kasvainsolujen pinnalla. Tällaisia antigeenejä voi olla myös veressä. Tämä on eturauhasspesifisen antigeenitestin perusta, jota käytetään yleisesti eturauhassyövän seulontaan. Jotkut antigeenit tuodaan tarkoituksellisesti toimimaan rokotteina ja luomaan immuunivaste.
Vasta -aineet ovat veren proteiineja, jotka torjuvat tiettyä antigeenia. Vasta -aine tunnistaa vain osan molekyylin osista. Vasta -aineen kärki sisältää paratopin, joka tunnistaa antigeenin monimutkaisen rakenteen. Tämä vasta -ainealue on vastuussa organismin läsnä olevien vasta -aineiden suuresta monimuotoisuudesta. Yhdellä yksilöllä voi olla miljoonia erilaisia vasta -aineita.
Usein käytetään peptidiantigeenejä, koska ne ovat osa suurempaa proteiinia, jota ei ehkä ole puhdistettu. Kun käytetään peptidiantigeenia vasta -aineiden valmistamiseen, on tärkeää, että tutkija käyttää peptidin antigeenistä osaa. Antigeeniasiantuntijat voivat auttaa antigeenisuunnittelussa maksimoimaan mahdollisuudet, että antigeeninä käytetty peptidi muodostaa vasta -aineen. On paljon helpompaa ennustaa, mitkä epitoopit paljastuvat, jos tiedetään yhdisteen kolmiulotteinen rakenne.
Useimmissa tapauksissa peptidin kokonaisrakenteesta ei ole tietoa, vaikka ennustava ohjelmisto voi analysoida, mikä peptidin osa on todennäköisesti antigeeninen. Peptidit, jotka todennäköisimmin kohtaavat vasta -aineen, ovat solun pinnalla olevia. Ne ovat todennäköisesti hydrofiilisiä – liukoisia veteen. Joustavuus on myös tärkeä kriteeri peptidiantigeenin reagoimiseksi epitoopin kanssa.
Kun sopiva peptidiantigeeni on tunnistettu, synteettinen peptidi luodaan. Sitä voidaan sitten käyttää immunisaatiossa. Se ruiskutetaan eläimelle immuunivasteen aikaansaamiseksi. Kun vasta -aineet on eristetty, ne analysoidaan sen varmistamiseksi, että organismi on saanut aikaan tehokkaan immuunivasteen.
Yksi yleinen tapa testata, ovatko vasta -aineet spesifisiä halutulle proteiinille, on suorittaa Western Blot. Tämä sisältää peptidin sisältävien proteiinien erottamisen geelissä sähkövirtaa käyttäen. Tätä kutsutaan elektroforeesiksi. Sitten proteiinit siirretään kalvolle ja koetetaan vasta -aineella.
Jos proteiinille on spesifistä vasta -ainetta, se sitoutuu kalvon proteiiniin. Kalvo pestään ja käsitellään sitten toissijaisella vasta -aineella. Jos vasta-aineita kehitettiin esimerkiksi hiirellä, toissijainen vasta-aine olisi hiiren vasta-aine. Tämä vasta -aine on suunniteltu tuottamaan väriä tai luminesenssia, jotta tutkija voi nähdä, mihin alkuperäinen vasta -aine on sitoutunut.