Hydraulinen perämoottorin ohjaus on lisävaruste moottoriveneissä. Tämä järjestelmä käyttää perämoottoriin kiinnitettyä hydraulisylinteriä ja antaa kuljettajalle mahdollisuuden ohjata venettä pienemmällä vaivalla. Hydraulinen perämoottorin ohjaus käyttää hydraulisylinterin ramppia perämoottorin työntämiseen ja vetämiseen yhdessä veneen ohjauspyörän kääntämisen kanssa. Aivan kuten auton ohjaustehostin, hydraulinen perämoottorin ohjaus tekee moottorin kääntämisen sivulta toiselle erittäin helpoksi tehtäväksi. Moottoriveneen ohjaukseen kohdistuva vääntömomentti on valtava, ja ilman hydraulista perämoottorin ohjausta veneen kääntäminen tai vain suoran linjan säilyttäminen olisi lähes mahdotonta täydellä kaasulla.
Veneet, joissa käytetään pieniä alle 50 hevosvoiman perämoottoria, voivat toimia ilman hydraulista perämoottorin ohjausta. Monet näistä veneistä ovat jopa ohjaussauvalla varustettuja, mikä tarkoittaa, että niillä ei ole ohjauspyörää. Jos perämoottori on suurempi kuin 50 hevosvoimaa, hydraulinen perämoottorin ohjaus on pakollinen. Vanhemmat veneet käyttivät vaijerijärjestelmää ja hihnapyöriä, joiden ansiosta kuljettajalla oli mekaaninen etu kääntäessään suuria perämoottoreita. Nykyaikaiset veneet käyttävät hydraulijärjestelmää, jota käytetään tyypillisesti sähköisellä hydraulipumpun moottorilla.
Paljon samalla tavalla hydrauliset kallistus- ja säätöominaisuudet ovat korvanneet manuaaliset järjestelmät, hydraulinen perämoottorin ohjaus on korvannut vanhemman hihnapyörien ja kaapeleiden järjestelmän suurten perämoottorien kääntämiseksi. Vaikka hihnapyörä- ja vaijerijärjestelmä käyttää vipua, hydraulinen sylinteriavusteinen kääntömekanismi mahdollistaa paljon tasaisemman ja helpomman kääntymisen. Monissa perämoottorikokoonpanoissa hydraulinen perämoottorin ohjaus on pakollinen. Kahden perämoottorijärjestelmän tuottama vääntömomenttiohjaus tekee minkä tahansa muun kuin hydraulisesti ohjattavan ohjauksen parhaimmillaan hyödyttömäksi.
Kaksoisperämoottorikokoonpanossa kaksi samankokoista perämoottoria yhdistetään toisiinsa suuremman tehopotentiaalin saavuttamiseksi. Vaikka tämäntyyppinen kokoonpano tyypillisesti yhdistää perämoottorit vastakkaisiin kääntyviin potkureihin moottorien tuottaman vääntömomentin ohjaamiseksi, hydraulinen perämoottorin ohjaus auttaa käyttäjää kääntämään suuria perämoottoreita, kun ne kulkevat veden läpi. Kuten yksittäisessä perämoottorikokoonpanossa, myös hydraulinen ohjaus helpottaa huomattavasti aluksen pitämistä suoralla linjalla.
Sähköhydraulipumpun käyttö hydrauliohjauksen tehostamiseen mahdollistaa potkumoottorin kääntämisen veneen ohjauspyörän kanssa, kun ensisijainen perämoottori on pois päältä. Potkumoottori on pienempi perämoottori, jota käytetään pääasiassa uistelussa kalastusaluksella. Nämä pienet perämoottorit ovat yleensä 20 hevosvoimaa ja vähemmän, ja ne on tyypillisesti kytketty päämoottoriin ohjaustangon avulla. Kun suurta moottoria käännetään, ohjaustanko toimii kuin raidetanko autossa ja kääntää myös potkumoottoria.