Perämoottorin potkuri on osa perämoottorin alempaa yksikköä. Se on tyypillisesti tuulettimen muotoinen, ja siinä on kaksi tai useampia siipiä ja se toimii bensiinillä. Toisin kuin sisämoottori, perämoottori on kiinnitetty vesikulkuneuvon ulkopuolelle.
Perämoottorit ja potkurit ovat melko yleisiä. Ne tarjoavat edun sisämoottoreihin verrattuna, koska ne ovat helposti saatavilla korjausta varten. Koska moottori ja potkuri ovat itsenäisiä, ne voidaan päivittää tai korvata toisella moottorilla suhteellisen helposti. Sisämoottorit ovat tyypillisesti kalliimpia ja niiden korjaamiseen kuluu enemmän aikaa kuin perämoottoreihin.
Perämoottorityypin tyyppi vaihtelee koon, materiaalin ja rakenteen mukaan. Koko ilmoitetaan halkaisijalla ja nousulla. Nousu on laskettu liikemäärä, jonka potkuri luo jokaisella kierroksella, ja halkaisija saadaan mittaamalla siipipyörä keskiön navasta kärkeen ja kertomalla kahdella. Esimerkiksi 15 x 22 tuuman (38.1 cm x 55.88 cm) perämoottorin potkuri on halkaisijaltaan 15 cm (38.1 tuumaa) ja liikuttaa teoreettisesti vesikulkuneuvoa 22 tuumaa (55.88 cm) jokaisen käännöksen aikana.
Perämoottoripotkureiden yleisiä materiaaleja ovat ruostumaton teräs, alumiini, pronssi ja komposiitit. Vesikulkupotkureiden on kestettävä paljon rasitusta, joten niitä ei yleensä valmisteta mistään muovista. Komposiittipotkurit on valmistettu nailon- ja lasiseoksesta. Ne ovat tyypillisesti kevyempiä kuin perinteiset metallipotkurit eivätkä ole alttiita korroosiolle.
Perämoottorin potkurin rakenne vaikuttaa vesikulkuneuvon suorituskykyyn. Nousu ja halkaisija sekä terien lukumäärä vaikuttavat kierroksiin minuutissa (RPM) ja kiihtyvyyteen. Yleensä neliteräisten potkurien kiihtyvyys ja keulan nosto ovat ylivoimaisia kuin kolmiteräiset, mutta kolmiteräiset potkurit toimivat hyvin kaikkiin tarkoituksiin. Nousun nousu tarkoittaa yleensä pienempää kierroslukujen määrää, samoin kuin halkaisijan lisääntyminen. Potkurin toiminta riippuu myös veneen koosta ja painosta.
Yleensä se vaatii kokeiluja ja virheitä, jotta oikea perämoottori sovitetaan moottoriin ja vesikulkuneuvoon. Optimoitaessa yhtä käyttövoiman osa -aluetta suorituskyky heikkenee tyypillisesti muilla aloilla. Optimaalista tehokkuutta, nopeutta, nostokykyä ja käsittelyä ei yleensä voida saavuttaa samalla moottorilla ja potkurilla. On suositeltavaa ostaa useita potkureita eri tilanteisiin. Tämä on paras tapa maksimoida suorituskyky yhdellä vesikulkuneuvolla.