Perustajavaikutus on dramaattinen geneettisen monimuotoisuuden väheneminen, joka johtuu pienen yksilöiden siirtokunnan muodostumisesta, joka pysyy eristyksissä. Tämä edistää geneettistä ajautumista, mikä saa tietyt geneettiset piirteet katoamaan tai lisääntymään. Useat ihmispopulaatiot tarjoavat mielenkiintoisia tutkimuslähteitä perustajavaikutuksesta kiinnostuneille geneettisille tutkijoille, samoin kuin lukuisat eläinpopulaatiot.
Tästä käsitteestä keskusteltiin ensimmäisen kerran laajalti vuonna 1952, kun Ernst Mayr rakensi muiden aikaisemman teoreettisen työn pohjalta idean perustajan vaikutuksesta. Mayr osoitti, kuinka pienet eristetyt populaatiot voivat alkaa poiketa suurista vanhemmista populaatioistaan, jolloin lopulta syntyy ainutlaatuinen laji. Siitä lähtien muut ovat rakentaneet hänen työnsä dramaattisesti, suorittaneet pitkäaikaisia tutkimuksia eristetyistä yhteisöistä ja analysoineet kehittyneillä työkaluilla näiden populaatioiden organismien genomeja.
Klassisessa esimerkissä perustajan vaikutuksesta pieni ryhmä erottuu suuremmasta väestöstä, aivan kuten amishit uskonpuhdistuksen aikana. Kun pieni ryhmä pysyy endogaamisena eli ihmiset menevät naimisiin yhteisön sisällä, se voi luoda tilanteen, jossa geneettinen monimuotoisuus on äärimmäisen rajallinen, koska uusia jäseniä ei toivota yhteisöön tervetulleiksi. Tämä vaikutus on yleinen eristettyjen uskonnollisten yhteisöjen ja saariväestöjen keskuudessa, joista kumpikin on yleensä erotettu suuremmasta väestöstä.
Yksi tämän ilmiön vaikutuksista on taipumus tiettyihin geneettisiin piirteisiin keskittyä. Koska perustajayhteisö on niin pieni, jos yhdellä henkilöllä on geneettinen mutaatio, tämä mutaatio voi lisääntyä yhteisössä. Esimerkiksi Amishilla on paljon korkeampi heksadaktilian esiintyvyys kuin väestöllä. Sisäsiitoskasvatukseen liittyvät ongelmat ovat esimerkki perustajan vaikutuksesta.
Jos perustajapopulaatio jätetään yksin tarpeeksi kauan, se voi poiketa niin radikaalisti vanhemmasta, että siitä tulee täysin uusi laji. Charles Darwin huomasi tämän tutkiessaan Galapagossaarten eläimiä, vaikka hän ei ymmärtänyt syytä. Monet ihmiset ovat yhtä mieltä siitä, että perustajan vaikutus voi olla erittäin ongelmallinen, koska vähentynyt geneettinen monimuotoisuus voi johtaa geneettisten mutaatioiden ilmenemisen lisääntymiseen. Tämä on erityisen huolestuttavaa biologille, jotka yrittävät pelastaa uhanalaisia lajeja, koska heidän on kasvatettava pieniä aloituspopulaatioita vastuullisella tavalla tämän vaikutuksen minimoimiseksi. Tämä on yksi syy siihen, miksi suojelupuistoissa käydään jatkuvasti kauppaa eläimillä.