Latentti infektio on tilanne, jossa virus on läsnä kehossa, mutta se pysyy lepotilassa eikä aiheuta mitään ilmeisiä oireita. Potilas on edelleen viruksen tartuttama, ja hän voi siirtää viruksen muille, kun he altistuvat lepotilalle. Latentit infektiot voivat myös aktivoitua aiheuttaen oireita ja sairauksia uudelleen. Klassinen esimerkki piilevästä infektiosta on herpes simplex, joka ajoittain leimahtaa aiheuttaen huuliherpesä ennen nukkumaanmenoa.
Ihmiset sekoittavat joskus piileviä infektioita latenssiin. Latenssi tai kliininen latenssi on yksi niistä asioista, joita esiintyy infektion itämisajan aikana, jolloin taudinaiheuttaja on läsnä kehossa ja lisääntyy, mutta ei aiheuta oireita. Kliinisessä latenssissa oleva virus ei ole lepotilassa, kuten näiden infektioiden tapauksessa, vaan täysin aktiivinen ja aiheuttaa ongelmia isäntäorganismille. Lopulta virus siirtyy pois latenssista ja alkaa aiheuttaa havaittavia oireita ja varoittaa isäntää siitä, että infektio tapahtuu.
Joitakin infektioita ei voida koskaan huuhdella kokonaan pois kehosta, ja ne tulevat latentiksi käyttämällä lääkkeitä ja muita toimenpiteitä viruksen hallitsemiseksi ja replikaation estämiseksi. Näissä tapauksissa infektio voi ajoittain leimahtaa vastauksena ympäristön vihjeisiin. Latentit infektiot voivat johtua myös silloin, kun virus muuttuu, on mahdotonta hävittää tai kun hoitojakso ei ole päättynyt, jolloin virus voi pysyä lepotilassa.
Useille viruksille on ominaista piilevän infektion aiheuttaminen, jolloin virus voi laskeutua ja virrata elimistössä jaksoissa ympäristön muuttuessa. Viruksen näkökulmasta kyky nukkua lepotilassa on kriittinen, koska se sallii viruksen säilyttää isännän lepotilassa ollessaan, kun olosuhteet ovat vihamielisiä tai epämiellyttäviä virukselle. Näitä infektioita voi myös olla erittäin vaikea havaita tai hallita.
Sen lisäksi, että nämä infektiot voivat aiheuttaa ongelmia isännälle leimaamalla ajoittain ja aiheuttamalla joukon oireita, nämä infektiot voivat muuttua pahemmiksi. Useita viruksia on yhdistetty kontrolloimattomiin solujakautumisiin, mikä johtuu oletettavasti viruksen ja solun DNA: n sekoittumisesta, joka johtaa ristiin johtoihin ja solun rehottavaan jakautumiseen. Latentista infektiosta voi tulla myös vakava ongelma, kun potilaan immuunipuutos on heikko, koska infektio voi ilmetä, kun potilaan immuunijärjestelmä ohittaa kriittisen pisteen.