Pohjois -Carolinan osavaltion lippu hyväksyttiin maaliskuussa 1885. Kenraali Johnston Jonesin ansioksi ehdotetaan lakiesitystä, joka muutti Pohjois -Carolinan osavaltion lipun aiemmasta suunnittelustaan, joka edusti Pohjois -Carolinaa sisällissodan aikana. Nykyinen Pohjois -Carolinan lippu näyttää leveän, vaakasuoran punaisen yläpalkin leveän, vaakasuoran valkoisen alapalkin yläpuolella. Pystysuora sininen palkki koristaa lipun vasemman puolen, ja tämän palkin päällä on kultaiset kirjaimet NC, erotettuna valkoisella tähdellä. Näiden kirjainten yläpuolella kultainen lippu ilmoittaa Mecklenburgin itsenäisyysjulistuksen päivämäärän 20. toukokuuta 1775 mustilla kirjaimilla. Samanlainen banneri NC -kirjainten alla näyttää Halifaxin ratkaisujen päivämäärän 12. huhtikuuta 1776.
Ensimmäisen henkilön, joka ehdotti Pohjois -Carolinan osavaltion lipun käyttöönottoa, uskotaan olleen eversti John D. Whitford. Hänen sanotaan tehneen ehdotuksensa 20. toukokuuta 1861, päivänä, jolloin Pohjois -Carolina äänesti eroamisesta Yhdysvalloista ja liittymisestä Amerikan liittovaltioihin. Vaikka Pohjois -Carolinan yleissopimus hyväksyi Whitfordin lippuehdotuksen, ryhmä lopulta hylkäsi hänen suunnitelmansa. He hyväksyivät sen sijaan William Jarl Brownen luoman mallin. Tämä malli hyväksyttiin virallisesti Pohjois -Carolinan yleissopimuksessa 22. kesäkuuta 1861 ja se oli käytössä sisällissodan jälkeen.
Pohjois -Carolinan alkuperäinen osavaltion lippu on rakenteeltaan hyvin samankaltainen kuin nykyinen Pohjois -Carolinan osavaltion lippu. Punaisen ja sinisen palkin sijainti valtion nykyisessä lipussa esiintyi päinvastaiseksi. Vasemmalla oleva pystysuora palkki oli punainen ja oikealla oleva vaakasuora yläpalkki sininen. Punaisessa pystysuorassa palkissa oli tyypillisesti valkoinen tähti.
Tämän tähden yläpuolella oli yleensä Mecklenburgin itsenäisyysjulistuksen päivämäärä ja alla Pohjois -Carolinan virallinen perintöpäivä Yhdysvalloista 20. toukokuuta 1861. antaa virallisia valtion lippuja rykmentteilleen Yhdysvaltain sisällissodan aikana.
Useimmat uskovat, että Pohjois -Carolinan uuden valtion lipun tarve tuli selväksi, kun Pohjois -Carolina palasi Yhdysvaltoihin Yhdysvaltojen sisällissodan jälkeen. Pohjois -Carolinan osavaltio jatkaa edelleen maaliskuussa 1885 hyväksytyn peruslippumallin käyttöä. Osavaltion lainsäätäjän laki vuonna 1991 pidensi Pohjois -Carolinan osavaltion lippua ja poisti pilkut sen osoittamista päivämääristä.