Ohutsuoli koostuu kolmesta eri osasta, jotka ovat pohjukaissuoli, jejunum ja ileum. Pohjukaissuoli muodostaa ohutsuolen alun, ja se on kiinnitetty mahaan pylorisen sulkijalihaksen avulla. Verrattuna muuhun ohutsuoleen, pohjukaissuoli on lyhyt ja leveä, ja siinä on selkeä C -muoto. Pohjukaissuolen anatomia kuvastaa sitä tosiasiaa, että suurin osa ruoansulatuksesta tapahtuu siellä.
Pohjukaissuolen anatomia voidaan jakaa neljään erilliseen alueeseen. Nämä eivät ole erillisiä osia, mutta ne on merkitty kuvaamaan, missä pohjukaissuolen eri toimintoja esiintyy. Pohjukaissuolen neljä osaa ovat yläosa, laskeva osa, vaakasuora osa ja nouseva osa. Jokainen osa viittaa tiettyyn pohjukaissuolen C -muodon alueeseen.
Pohjukaissuolen yläosaa kutsutaan myös ensimmäiseksi osaksi ja pohjukaissuolen polttimoksi. Se on noin 2 cm pitkä, ja 5 cm: n ensimmäiset 3/4 tuumaa ovat liikkuvia. Tämä on ainutlaatuista pohjukaissuolen anatomiassa, koska muu osa on liikkumaton ja kiinnittynyt vatsan seinään. Ylempi osa muodostaa C -muodon yläosan ja alkaa pylorisen sulkijalihaksesta.
Laskeva osa tai toinen osa on pohjukaissuolen paksun anatomian pisin osa. Siellä haiman ja maksan ruoansulatusmehut tyhjennetään pohjukaissuoleen. Tässä osassa ja pohjukaissuolen vaakasuorassa tai kolmannessa osassa ruoka sekoitetaan ruoansulatusmehuihin. Ruoansulatusmehujen entsyymit hajottavat ruoan pienemmiksi molekyyleiksi, jotka imeytyvät verenkiertoon ileumin sisältä.
Pohjukaissuolen mikroskooppinen anatomia osoittaa, että sen seinämien sisällä on neljä kerrosta, jotka ovat samat kuin muualla ohutsuolessa. Pohjukaissuolen sisäpuolelta neljä kerrosta ovat limakalvo, submucosa, muscularis propria ja serosa. Brunnerin rauhaset löytyvät pohjukaissuolen limakalvokerroksesta. Nämä rauhaset tuottavat limaa pohjukaissuolen sisäseinän voitelemiseen sekä mineraalisuoloja neutraloimaan mahalaukusta pohjukaissuoleen siirtyneen ruoan pH: n.
Pohjukaissuolen seinämät ovat erittäin taitettuja ja peitetty pienillä sormimaisilla ulkonemilla, joita kutsutaan villiksi. Nämä ulokkeet sisältävät sileitä lihaksia, jotka auttavat liikuttamaan ruokaa pohjukaissuolen läpi ja sekoittamaan sen perusteellisesti ruoansulatusmehujen kanssa. Jotkut ruoansulatusentsyymit tuotetaan soluista, jotka löytyvät villien kärjistä.