Presbyterilainen teologia juontaa juurensa protestanttisuudesta ja juontaa juurensa John Calvinin opetuksiin. Pääperiaate, joka hallitsee presbyteeristä teologiaa, on se, että pelastus tulee yksin uskosta, ei kuvien ja pyhien kunnioittamisesta tai kuolleiden puolesta rukoilemisesta. Jotkut presbyteerisen kirkon merkittävistä johtajista olivat John Knox Skotlannissa ja Ulrich Zwingli ja Heinrich Bullinger Sveitsissä.
Termi “presbyteeri” on peräisin presbyterosta, joka on kreikan sana “vanhin”. Presbyterian kirkon organisaatio on samanlainen kuin protestanttisten kirkkojen organisaatio, joka omaksui Sveitsin protestanttisen uskonpuhdistuksen ajatukset. Papit, jotka paikalliset kristilliset yhteisöt valitsevat demokraattisesti sekä miehistä että naisista, hallitsevat presbyteerikirkkoa. He ovat myös kirkon neuvostojen, presbyteerien, synodien, kansallisen neuvoston ja korkeimman neuvoston jäseniä.
Presbyterian kirkon teologia hyväksyy sekä apostolisen uskontunnustuksen että nicene -uskontunnustuksen. Tämän tyyppisen teologian painopisteitä ovat jumalalliset valinnat, Jumalan suvereniteetti, sakramenttien tärkeys sekä hurskauden ja älyllisen kulttuurin täydellinen tasapaino. Vaikka tämä teologia olisi peräisin Calvinin opetuksista, se ei opeta, että Jumala olisi ennalta määrännyt jotkut ihmiset pelastukseen ja toiset kadotukseen. Presbyterilaiset katsovat, että vaikka kaikki ihmiset ansaitsevat rangaistuksen syntisestä luonteestaan, Jumala päätti valita numeron pelastukseksi ja antaa muiden seurata omaa polkuaan.
Presbyterilaisessa teologiassa hyväksytään vain kaksi Jeesuksen asettamaa sakramenttia: kaste ja ehtoollinen. Presbyteerit uskovat, että kaste on Jeesuksen asettama sakramentti, jossa kirkkoon astuva saa uuden syntymän ja syntien anteeksiannon. Kaste tehdään Isän, Pojan ja Pyhän Hengen nimeen, ja se voidaan tehdä vain kerran elämässä. Vettä käytetään kasteen ulkoisena elementtinä, mutta upottamista ei tarvita. Ehtoollisella muistetaan Jeesuksen ristillä tekemää uhria, ja ulkoiset elementit – leipä ja viini – symboloivat Jeesuksen ruumista ja verta.
Presbyterilaisessa teologiassa Raamattu on keino, jolla kristityt oppivat Jumalan läsnäolosta kaikilla ihmiselämän osa -alueilla aikojen alusta nykypäivään. Presbyteerit uskovat, että Jumalan iankaikkinen hyvyys ja jatkuva rakkaus luomakuntaansa voidaan ymmärtää Raamattua tutkimalla. Presbyterilaiset käyttävät sekä Vanhaa että Uutta Testamenttia.
Presbyterilaisia korkeakouluja on kaikissa maissa, joissa tämä kirkko on läsnä. Monet heistä tarjoavat lapsille perinteisen opetuksen presbyterilaisuuden moraalisten periaatteiden mukaisesti. Ihmisille, jotka ovat kiinnostuneita teologisen tutkinnon saamisesta, presbyterilaiset korkeakoulut tarjoavat presbyterilaiseen teologiaan, lähetystyöhön ja pastoraaliseen neuvontaan liittyviä kursseja.