Proteiiniantigeeni on proteiini, joka voi stimuloida immuunijärjestelmän vasta -aineiden tuotantoa ja johon immuunijärjestelmä reagoi, jos se tunnistetaan kehossa. Antigeenejä voidaan valmistaa useista yhdisteistä, joista proteiiniantigeenit ovat yleisimpiä. Immuunijärjestelmästä ja sairausprosessista kiinnostuneet tutkijat ovat tunnistaneet lukuisia proteiiniantigeenejä, ja antigeenejä käytetään laajalti tutkimuksessa, diagnoosissa ja lääketieteellisessä hoidossa.
Eksogeeninen proteiiniantigeeni on proteiini, jota toinen organismi tuottaa kehon ulkopuolella. Esimerkki voi olla viruksen tuottama proteiini, jonka joku syö. Kun immuunijärjestelmä näkee tämän proteiinin, se tunnistaa sen vieraaksi ja stimuloi vasta -aineiden tuotantoa, jotka voivat tarttua antigeeniin ja hyökätä siihen. Tämä on yksi kehon puolustuslinjoista taudinaiheuttajia vastaan.
Endogeenisiä proteiiniantigeenejä tuotetaan kehon sisällä. Ne ovat hyvin yleisiä solukuolemassa. Kehon solut voivat ohjelmoida itsensä tuottamaan näitä antigeenejä, jotta immuunijärjestelmä tietää, milloin on aika hajottaa solu ja kierrättää sen komponentit. Tämän tyyppistä proteiiniantigeenia voi myös käyttää immuunijärjestelmä merkitsemään tartunnan saaneet solut tuhottavaksi.
Toinen proteiiniantigeenityyppi on autoantigeeni. Autoantigeenit ovat aineita, joita tavallisesti esiintyy kehossa ja jotka yleensä ymmärretään vaarattomiksi ja joita keho alkaa tunnistaa antigeeniksi. Autoantigeenit osallistuvat autoimmuunisairauksiin, joissa keho alkaa hyökätä itseään vastaan, koska immuunijärjestelmän ohjelmointi menee pieleen. Tässä tapauksessa immuunijärjestelmä pitää proteiinia, joka on itse asiassa osa kehoa, haitalliseksi, ja immuunijärjestelmä pyrkii poistamaan sen, vaikka se voi vahingoittaa kehoa.
Rokotukset voivat sisältää kontrolloidun antigeenin, usein proteiiniantigeenin, tuonnin kehoon, jotta se voi muodostaa vasta -aineita altistamatta sitä taudin riskille. Antigeenejä voidaan käyttää myös testeissä; jos lääkäri epäilee, että potilaalla on esimerkiksi tietty virus, verinäyte voidaan tuoda valikoimaan antigeenejä nähdäkseen, mihin antigeeneihin se sitoutuu. Antigeenien tunnistaminen voi olla tärkeää myös verikokeissa, joissa määritetään, onko jotkut vastustuskykyisiä sairaudelle tai onko joku altistunut sairaudelle.