Punainen klorofylli on harvinainen punainen pigmentti, jota esiintyy hyvin pienessä osassa merikasveja. Vihreän klorofyllin tavoin se sallii kasvien absorboida valoa aloittaakseen fotosynteesin, prosessin, jolla kasvit muuttavat energian ruoaksi. Kasvit, jotka sisältävät punaista klorofylliä, kuuluvat tyypillisesti sinilevien luokkaan tai mikroskooppisiin kasveihin, jotka kasvavat pienissä pesäkkeissä koralliriutoilla ja paikallaan olevilla merieläimillä, kuten meriruiskeilla.
Yksi syanobakteerilaji sisältää punaista klorofylliä, joka on myös luokiteltu klorofylli d: ksi tai klorofylli f: ksi. Acaryochloris marina, nämä sinilevät näyttävät väriltään punaisilta, mikä tekee niistä toisin kuin muut lajit. Muinaiset kreikkalaiset antoivat sinileville nimensä, koska syano tarkoittaa “ sinivihreää ”. Acaryochloris marina ei jaa tätä väriominaisuutta, mutta sillä on sama solurakenne, kasvumallit ja ympäristötarpeet kuin muilla lajeilla. Tällä klorofyllillä täytetyt sinilevät voivat myös kasvaa alemmilla syvyyksillä kuin sinivihreät serkkunsa.
Tämä meren kasviston monimuotoisuus näkyy punaisena valospektrissä, koska se absorboi infrapunavaloa valonspektrin ääripäässä ja heijastaa näkyvää punaista valoa. Infrapunavalon aallonpituudet ovat paljon pidempiä kuin näkyvän spektrin aallonpituudet, joten ne voivat tunkeutua syvälle mereen. Useimmat muut valot, erityisesti siniset ja violetit spektrin lyhyessä päässä, suodatetaan pois veteen kulkevasta valosta. Jos Acaryochloris marina ei pystyisi absorboimaan infrapunavaloa, se ei selviäisi.
Punaista klorofylliä on kahdenlaisia: klorofylli d ja klorofylli f. Ensimmäinen tyyppi absorboi infrapunavaloa juuri näkyvän spektrin ulkopuolella, yleensä 700 aallonpituutta tai enemmän. Toinen lajike absorboi infrapunavaloa 800 aallonpituusalueella ja sitä korkeammalla. Klorofylli f sisältävät kasvit voivat selviytyä syvemmällä valtameressä kuin ne, jotka sisältävät klorofylli d, vaikka molemmat klorofyllilajit vaativat auringonvaloa.
Tutkijat, jotka ovat kiinnostuneita geenitekniikan kasveista, yrittävät löytää tavan saada tavalliset viljelijät tuottamaan punaista klorofylliä. Veden yläpuolella punainen klorofylli absorboi teoriassa paljon enemmän auringonvaloa kuin vihreä klorofylli. Vihreä klorofylli imee sinistä ja violettia valonsäteitä näkyvän valon spektrin lyhyelle puolelle, mikä tarkoittaa, että sen absorboimat säteet eivät ole yhtä voimakkaita kuin punainen ja infrapunavalo. Maankasvit, jotka kykenevät absorboimaan pitkiä, voimakkaita infrapunasäteitä, saattaisivat pystyä fotosynteesiin erittäin nopeasti, mikä tarkoittaa, että ne kypsyvät ja tuottavat satoa hyvin nopeasti.