Pyhä puutarha on yksi, joka on suunniteltu uskonnollisella teemalla. Siellä on laaja valikoima pyhiä puutarhoja, mukaan lukien zen -puutarhat, jumalatarpuutarhat, kelttiläiset puutarhat, raamatulliset puutarhat, labyrinttipuutarhat ja paljon muuta. Joissakin uskonnollisesti vaikuttavissa puutarhoissa on pyhiä puita, kun taas toiset voivat sisältää yrttejä, vihanneksia ja kukkia. Polut saattavat johtaa kävelijöitä pyhälle matkalle ristin katolisten asemien tai vuoden kelttiläisen pyörän läpi. Maalaismaisia penkkejä ja uskonnollisia patsaita sijoitetaan joskus pyhään puutarhaan parantamaan rukoukseen ja mietiskelyyn suunnitellun hengellisen turvapaikan tunnetta.
Yksi suosittu pyhän puutarhan muoto on zen -puutarha. Zen -puutarhan merkittävin piirre on sen yksinkertaisuus. Tämäntyyppinen puutarha toimii periaatteella, että vähemmän on enemmän ja pieni määrä luonnon elementtejä muuttuu symboleiksi. Esimerkiksi maiseman läpi virtaava pienten kivien kanava edustaa vettä ja kivi voi edustaa vuorta. Jotkut zen -puutarhat koostuvat pelkästään hiekkakerroksesta, jossa yksi tai useampia kiviä on taidokkaasti asetettu hiekan päälle, joka usein haravoidaan muodostamaan viivoja, jotka edustavat virtaavaa vettä.
Puut olivat keltille pyhiä, ja niitä palvottiin usein tammen, saarnin, pihlajan, pajun, marjakuusi ja muiden pyhiksi pidettyjen puiden lehtoissa. Pyhässä puutarhassa, jossa on kelttiläinen teema, voi olla kelttiläinen risti keskellä lehtoa. Brigit’s Garden Irlannissa on suunniteltu kelttiläinen teema 11 hehtaarin, joka sisältää niittyjä ja metsää. Puutarhan vierailijat lähtevät matkalle, joka vie heidät Beltainen, Lughnasan, Samhainin ja Imbolcin suurten kelttiläisten festivaalien läpi, ja niissä on luontopolku, suuri kelttiläinen aurinkokello, kiviympyrä ja elävä paju.
Raamatullisella teemalla suunnitellut pyhät puutarhat sisältävät usein pyhien, Marian tai Jeesuksen patsaita, joita ympäröivät Raamatussa mainitut kasvit. Jotkut yrtit, joita saattaa esiintyä raamatullisessa puutarhassa, ovat korianteri, minttu, kaneli, kumina ja tilli. Muita yrttejä, joita voidaan sisällyttää, ovat kamomilla, malva ja salvia. Puutarhuri, joka haluaa kasvattaa Raamatussa kuvattuja vihanneksia, voi valita pitkän luettelon, joka sisältää kurkut, linssit, pavut, valkosipulin ja sipulit. Raamatun pyhään puutarhaan sopivia hedelmäpuita ovat omena, viikuna ja granaattiomena, ja pähkinäpuutarha, kuten manteli, pähkinä ja kastanja, voivat olla esillä.