Rekombinanttiantigeeni on molekyyli, joka koostuu useista erityyppisistä proteiineista ja joka laukaisee immuunivasteen. Antigeenin sisällä olevien proteiinien tyypeistä riippuen tietty antigeeni voi stimuloida monentyyppisten vasta -aineiden tuotantoa. Tätä mekanismia käytetään usein lääketieteessä tarkoituksellisesti kannustamaan ihmiskehoa tuottamaan vasta -aineita, kuten rokotteita. Rokotteiden antigeenit aiheuttavat immuunivasteen, joka on räätälöity niiden yhdistelmärakenteeseen.
Oikea immuunivaste yhdistelmä-antigeenille on välttämätöntä, kun stimuloidaan pitkäaikaista vastustuskykyä sairauksille. Jotkut antigeenit stimuloivat immuunijärjestelmää niin voimakkaasti, että yksi altistus antaa elinikäisen suojan niitä vastaan tulevaisuudessa, kun taas toiset tuottavat lievemmän vasteen, joka heikkenee ajan myötä. Tietyt rokotteet on annettava vain kerran, koska yksi antigeenialtistus riittää suojelemaan ihmistä koko elämän ajan, kun taas toiset on annettava määräajoin yksilön elinkaaren aikana, jotta vastustuskyky ei putoa kriittisen tason alapuolelle ja jätä hänet haavoittuvaksi sairauteen.
Rekombinanttiantigeeni ei aina tule ulkoisesta lähteestä. Ihmiskeho voi tuottaa omia antigeenejä solujen sisällä sekä normaalin että epänormaalin toiminnan aikana. Syöpäkasvainsolut tuottavat antigeenejä, jotka stimuloivat erilaisia vastauksia ihmiskehossa vasta -ainetuotannon lisäksi, mukaan lukien tulehdus. Vasta -aineiden tuotanto ei takaa, että keho pystyy puolustautumaan antigeenia vastaan, ja vaikka tilanne ei välttämättä aina olekaan niin vakava kuin syöpä, antibiootteja ja muita lääkkeitä tarvitaan joskus.
Yksi pahimmista rekombinanttiantigeenien lähteistä ihmiskehossa on lääkeresistentit bakteerit. Nämä bakteerit ovat merkittävä ongelma, koska ihmiskeho joko ei pysty kehittämään kunnollisia vasta -aineita niiden kuljettamia antigeenejä vastaan tai ei pysty tuottamaan tarpeeksi vasta -aineita. Lääkeresistentin bakteerin rekombinanttiantigeeni syntyy, kun useat bakteerin pinnalla olevat proteiinit sitoutuvat yhteen siten, että tietyt antibiootit eivät kykene tuhoamaan bakteeria. Tämän resistenssin ansiosta organismi voi lisääntyä ja levittää enemmän rekombinanttiantigeenejä isäntänsä ympärille. Kun yhdistelmä -antigeenejä valmistetaan enemmän, mahdollisuus vastustuskykyisen bakteerikannan tuottamiseen kasvaa.
Ilman yhdistelmä -antigeenejä tehokkaiden lääketieteellisten hoitojen luominen voi olla paljon vaikeampaa. Rekombinanttiantigeenien puute voi myös helpottaa taistelua bakteereja vastaan, koska yksikään mikro -organismi ei koskaan tule vastustuskykyiseksi antibiooteille. Rekombinanttiantigeenit voivat edistää sekä terveyttä että sairautta kontekstista riippuen, ja monet kontekstit, joissa ne esiintyvät, tekevät niistä samanaikaisesti työkalun ja kohteen modernissa lääketieteessä.