RNA-analyysi on laaja termi, joka viittaa mihin tahansa useista tekniikoista, jotka liittyvät tiedon keräämiseen ribonukleiinihapposekvenssistä (RNA). Deoksiribonukleiinihappo (DNA) sisältää geneettiset ohjeet, jotka sanelevat melkein kaikki organismin eri osien ulkonäön ja käyttäytymisen näkökohdat. Osat tästä DNA:sta transkriptoidaan RNA:ksi, ja RNA:n juosteet transloidaan sitten proteiineihin tai funktionaalisiin kemiallisiin yksiköihin, jotka ovat suoraan tai epäsuorasti välttämättömiä suurimmalle osalle organismien kemiallisista ja rakenteellisista näkökohdista. Jotkut RNA:n muodot eivät muuntu proteiineihin, vaan ovat sen sijaan toimivia omien kemiallisten ominaisuuksiensa vuoksi. RNA-analyysin tarkoituksena on yleensä lukea tietyn RNA-juosteen sisältämä geneettinen koodi, mutta se voi myös olla tarkoitettu paljastamaan muita rakenteellisia tai toiminnallisia piirteitä.
Yksi yleisimmistä ja perustyypeistä RNA-analyysissä on sekvenssianalyysi. RNA koostuu neljästä molekyylityypistä, jotka tunnetaan nimellä nukleotidit: adeniini, guaniini, sytosiini ja urasiili. Nukleotidien sekvenssin määrittäminen tällaisissa RNA-ketjuissa antaa tutkijoille mahdollisuuden ennustaa tuloksena olevan proteiinin rakennetta tai etsiä mutaatioita sekvenssistä. Sekvenssianalyysiä voidaan käyttää myös sellaisten RNA-ketjujen rakenteiden ennustamiseen, jotka toimivat yksinään ja eivät transloitu proteiineihin.
Toinen suhteellisen yleinen RNA-analyysin muoto on rakenneanalyysi, jonka tarkoituksena on määrittää tietyn RNA-ketjun sekundaarirakenne. Niiden RNA-ketjujen toiminnot, jotka eivät transloitu proteiineihin, ilmenevät niiden kolmiulotteisista rakenteista, joita kutsutaan yleisesti sekundäärirakenteiksi. RNA-ketjun sekundaarirakenteen ymmärtäminen rakenteellisen RNA-analyysin avulla voi auttaa tutkijoita ymmärtämään paremmin mekanismeja, joiden kautta RNA-ketju toimii. Rakenteellinen RNA-analyysi voidaan suorittaa tietokoneistetuilla ennusteilla, jotka perustuvat RNA-sekvensointiin ja erilaisilla kokeellisilla menetelmillä.
RNA:lla voi olla erilaisia toimintoja sen lisäksi, että se koodaa proteiineja tai palvelee rajoitettuja toimintoja organismissa. Jotkut näistä toiminnoista ovat ilmeisiä tietyntyyppisissä viruksissa, joilla on RNA-genomit, mikä tarkoittaa, että kaikki niiden geneettinen tieto on tallennettu RNA:na. Tällaiset virukset tunkeutuvat isäntäsoluihin ja replikoituvat RNA-genomista kehitettävien proteiinien avulla. Muuntyyppiset virukset käyttävät käänteistranskriptiona tunnettua prosessia DNA:n valmistamiseksi RNA:sta. RNA-analyysi voi antaa tutkijoille mahdollisuuden määrittää jossain määrin näiden virusten toiminta ja suunnitella mahdollisia tapoja neutraloida ne.