Ribonukleiinihapon (RNA) kvantifiointi on keino määrittää RNA: n keskimääräinen pitoisuus liuoksessa. Tämä määritys voidaan suorittaa käyttämällä erilaisia menettelyjä, jotka yleensä kuuluvat yhteen kahdesta luokasta: spektrofotometria tai fluoresoivan värin kvantifiointi. Spektrofotometria perustuu RNA: n kykyyn absorboida tiettyjä ultraviolettivalon aallonpituuksia. Jotkut fluoresoivat väriaineet, kuten etidiumbromidi, voivat sitoutua nukleiinihappoihin, kuten RNA, ja fluoresoivat, kun ne sitoutuvat, jolloin kirkkaus voidaan mitata.
Kun RNA altistetaan ultraviolettivalolle, se absorboi selektiivisesti tämän valon aallonpituuksilla 260 nanometriä (nm) ja 280 nm. Tämä menetelmä suoritetaan spektrofotometrillä, joka tuottaa ultraviolettivalon aallonpituuksia ja mittaa RNA: n läpi kulkevan valon. Suuremmat RNA -pitoisuudet absorboivat enemmän valoa.
Näiden kahden aallonpituuden yhdistelmää käytetään usein RNA: n kvantifioinnissa, koska tämän menetelmän avulla tutkijat voivat oppia, onko näyte saastunut muilla makromolekyyleillä, kuten proteiineilla. Nämä epäpuhtaudet absorboivat usein valikoivasti 280 nm valoa, mutta eivät valoa 260 nm: ssä. Tämän seurauksena absorboituneen valon suhteen laskeminen molemmilla aallonpituuksilla voi määrittää saastumisasteen.
RNA: n kvantifiointi fluoresoivilla väriaineilla antaa tuloksia, jotka ovat vähemmän herkkiä joillekin epäpuhtauksille, ja niitä voidaan käyttää alhaisilla RNA -tasoilla, mikä tekisi spektrofotometrian mahdottomaksi. Värit, kuten etidiumbromidi, sitoutuvat RNA: han, ja tuloksena oleva kirkkaus voidaan mitata suoraan fluoresenssifotometreillä. Jos fotometriä ei ole saatavilla, voidaan valmistaa liuoksia, joilla on tunnettuja RNA -pitoisuuksia, ja tuntemattoman näytteen kirkkautta voidaan karkeasti verrata näihin. Kirkkauden ja RNA -pitoisuuden välinen suhde on lineaarinen, joten tutkijat voivat nopeasti määrittää pitoisuusmittauksen kirkkaudesta.
RNA: n kvantifiointi käyttäen jompaakumpaa menetelmää voi olla erittäin herkkä erilaisille epäpuhtauksille. Proteiinit, fenoli ja suuret hiukkaset voivat tehdä spektrofotometrian tuloksista epätarkkoja. Nämä epäpuhtaudet eivät vaikuta fluoresoivan väriaineen RNA: n kvantifiointiin, mutta tämä menetelmä voidaan tehdä epätarkkaksi, kun näytteessä on deoksiribonukleiinihappoa (DNA).
Värit, jotka sitovat nukleiinihappoja, sitovat sekä DNA: ta että RNA: ta ja näyttävät samanlaisilta kirkkauksilta, joten puhtaan RNA -näytteen varmistaminen on tärkeää. Tavallinen tapa saavuttaa tämä on lisätä entsyymi, joka tuhoaa DNA: ta, kuten DNAse, sekanäytteeseen ennen väriaineen lisäämistä. Riippuen näytteen RNA -pitoisuudesta ja epäpuhtauksista, laboratoriot voivat käyttää jompaakumpaa näistä menetelmistä RNA: n kvantifioimiseksi.