Rokotusten ja autismin välisestä korrelaatiosta on kirjoitettu uskomattoman paljon. Useat vanhemmat pitävät voimakkaasti sitä, että jotkut rokotukset voivat olla vastuussa autismitapauksista. Tämä vahva tunne ja vanhempien aktiivisuus ovat johtaneet toistuvasti vaatimukseen tutkia tätä yhteyttä, ja tehty kliininen tutkimus viittaa siihen, että rokotusten ja autismin välillä ei ole yhteyttä. Lääkintäyhteisö vastustaa suoraan vakiintunutta siteitä, ja jopa tuomioistuimet ovat osallistuneet asiaan ja antaneet 2010 -luvulla päätöksiä siitä, että yhteyttä ei ole.
Yksi vahvimmista tutkimuksista, jotka viittasivat rokotusten ja autismin väliseen yhteyteen, julkaistiin arvostetussa lääketieteellisessä lehdessä The Lancet vuonna 1998. Tässä artikkelissa havaittiin myöhemmin olevan tekaistuja ja epätarkkoja tietoja, ja vuonna 2010 The Lancet peruutti ne. Sen läsnäolo aiheutti huolenaiheita erityisesti vanhempien keskuudessa, ja autismin lisääntymisen myötä monet kannattivat rokotusten luopumista. Lääkärit, joiden mielestä riski saada vakavia sairauksia oli vielä paljon suurempi kuin riski saada autismi, eivät tukeneet tätä valintaa.
Vanhempien asianajajaryhmissä keskityttiin jonkin aikaa kemikaalin läsnäoloon joissakin rokotteissa, joita kutsutaan timerosaaliksi. Sen uskottiin nostavan autismin riskiä The Lancet -artikkelin ja muiden lähteiden mukaan. Tätä asiaa on myös tutkittu, ja timerosaali on poistettu useimmista rokotuksista. Tällä hetkellä lääketieteellisten ja oikeudellisten standardien mukaan tämä kemikaali ei ole vastuussa autismitapauksista, eikä varsinkaan tuhkarokko-, sikotauti- ja vihurirokko -laukausta (MMR), jota vanhemmat asianajajaryhmät pitävät todennäköisenä syynä autismiin, ei uskota olevan suhde sairauteen. Huomattava poikkeus on, että ensimmäiset autismin oireet voivat ilmetä suunnilleen samanaikaisesti MMR: n antamisen kanssa, mikä on totta riippumatta siitä, saavatko lapset rokotteen vai eivät.
Viimeaikaiset tutkimukset tästä taudista viittaavat vähemmän yhteyteen rokotusten ja autismin välillä ja enemmän suhteeseen genetiikkaan. Laaja tutkimus, johon suuri organisaatio Autism Speaks investoi, arvioi yli 2000 lasta selvittääkseen, onko olemassa geneettisiä tekijöitä, jotka altistavat ihmiset autismille, ja käy ilmi, että niitä on. Ne eivät yksinkertaisesti ole yksittäisiä, vaan sisältävät pieniä vikoja tai eroja monissa eri geeneissä. On selvää, että yksi geeni ei ole vastuussa tilasta, mutta ihmisillä saattaa olla useita geenejä, jotka ennustavat enemmän autismin esiintymistä.
Kaikista näistä todisteista huolimatta korrelaatiota rokotusten ja autismin välillä ei voida täysin sulkea pois kaikissa tapauksissa. On tiettyjä tekijöitä, jotka väittävät sitä vastaan. Rokotustasot ovat nyt laskeneet sen pelon vuoksi, että autismi johtuu rokotteista, ja silti autismin taso nousee edelleen. Autismia esiintyy pojilla paljon useammin kuin tytöillä, mutta molemmat sukupuolet rokotetaan tasavertaisesti.
Laillinen tiede ei ole pystynyt osoittamaan korrelaatiota rokotusten ja autismin välillä. Useimmat todisteet, jotka viittaavat yhteyteen, ovat lääketieteen maallikoiden toimittamia, eikä kova tiede tue niitä. Lähes kaikki lailliset lääketieteelliset järjestöt kiistävät yhteyden ja ilmaisevat syvän huolensa rokotusten välttämisen mahdollisista vaaroista.