Sikiön alkoholioireyhtymää ei yleensä voida parantaa, mutta joitakin sen oireista voidaan hoitaa, varsinkin jos ne havaitaan varhaisessa iässä. Esimerkiksi sydänviat, joihin usein liittyy reikä tai kohina, voidaan hoitaa leikkauksella. Muita fyysisiä oireita, kuten kuulo- ja näköhäiriöitä, voidaan usein hoitaa kuulolaitteilla ja laseilla. Tietenkin raskaudenaikaiseen juomiseen liittyy yleensä mielenterveysongelmia, kuten hidastuminen, oppimisvaikeudet ja päättelyvaikeudet. Tyypillinen hoito sikiön alkoholioireyhtymän oireille sisältää tällaiset erityistunnit koulussa ja sosiaalipalvelut varhain.
Yksi sikiön alkoholioireyhtymän yleisimmistä oireista on sydänvika. Tämä voi sisältää murinaa, joka on melko lievä poikkeavuus, jota joillakin muuten terveillä lapsilla on. Toisaalta jotkut sikiön alkoholisyndroomaa sairastavat vauvat voivat kärsiä kammion väliseinän viasta, joka kuvaa oikean ja vasemman kammion välissä olevaa reikää. Toinen mahdollinen sikiön alkoholioireyhtymään liittyvä ongelma on eteisen väliseinän vika, jossa yläkammioiden välinen seinämä ei sulkeudu. Tällaiset viat voidaan ratkaista leikkauksella, mutta tällaista sikiön alkoholioireyhtymän hoitoa pidetään usein monimutkaisena eikä se aina onnistu.
Sikiön alkoholioireyhtymän fyysisiin oireisiin on myös muita hoitomuotoja. Esimerkiksi korvat voivat vääntyä syntyessään, mikä johtaa kuulon heikkenemiseen lapsuudessa. Tämä voidaan ratkaista kuulokojeilla ja tarvittaessa plastiikkakirurgialla korvien ulkonäön muuttamiseksi. Näön menetys on toinen tämän taudin yleinen oire, joka vaatii usein silmälaseja varhaisessa iässä. Vaikka sikiön alkoholioireyhtymän fyysisiä oireita hoidetaan, näitä ei yleensä voida korjata, kuten epätavallisen pieni pää tai vartalo.
Jotkut tämän sairauden huolestuttavimmista oireista ovat mielenterveysongelmia. Esimerkiksi henkinen kehitysvamma, puheen ja kielen viivästyminen ja oppimisvaikeudet ovat vain muutamia tärkeimmistä ongelmista. Nämä vaativat usein vuosia hoitoa varhaisesta iästä lähtien, kuten käyttäytymisenhallinnan valmennusta sekä neuvontaa stressin käsittelemiseksi. Lisäksi lapsille olisi tarjottava räätälöityä hoitoa sikiön alkoholioireyhtymään, kun he aloittavat koulun, koska he tarvitsevat usein erityisluokkia saavuttaakseen ikänsä tyypilliset virstanpylväät. Erityisopetusluokat voivat antaa heidän menestyä koulussa huolimatta oppimisvaikeuksistaan, yliaktiivisuudestaan ja kyvyttömyydestään järkeillä normaalisti.