Simpanssien käyttäytyminen vaihtelee suuresti sen mukaan, kumpaa simpanssilajia tarkastellaan – tavallista simpanssia (Pan troglodytes), joka asuu Kongon joen pohjoispuolella, ja Bonoboa (Pan paniscus), joka asuu etelässä. Vaikka nämä simpanssit ovat lähes erottamattomia anatomisesti-noin 75–155 paunaa (35-70 kg), seisovat 0.9–1.2 metrin korkeudessa ja keskimääräinen elinikä on 3–4-heidän käyttäytymistään ei voitu enemmän erilaisia.
Tavallinen simpanssi on yleisempi ja ilkeämpi näistä kahdesta. Metsästys joukkoissa, tavalliset simpanssit elävät heimoissa, joita johtaa alfa -uros ja joille on ominaista monimutkaiset sosiaaliset suhteet, samanlainen kuin ihmisten kanssa. Näissä simpanssiyhteisöissä, kuten monissa muissakin, raiskaus ja murha ovat arkipäivää. Tavalliset simpanssit ovat huomattavasti aggressiivisempia kuin Bonobot, ja niiden tiedetään hyökkäävän ja tappavan ihmisiä toisinaan. Tämä ei ole kovin vaikeaa, jos ihminen on aseeton, sillä simpansseilla on yli viisi kertaa suurempi voima kuin tyypillisellä ihmisuroksella. Nämä simpanssit ovat kaikkiruokaisia, ja niiden ruokavaliossa on huomattava määrä lihaa.
Toisin kuin tavalliset simpanssit, Bonimbo -simpanssilaji on enimmäkseen kasvissyöjä, väkivallaton, matriarkaalinen ja kuuluisa seksuaalisesta vastaanottavuudestaan. Syy tähän merkittävään käyttäytymiseroon ei ole täysin tiedossa. Bonobo -simpanssilla on suhteellisesti pidemmät raajat kuin tavallisella simpanssilla, joka on mukautettu viettämään enemmän aikaa puissa, joissa he syövät hedelmiä. Bonoboilla on hieman kevyempi rakenne kuin tavallisilla simpansseilla. Tämä johtuu siitä, että he eivät metsästä eivätkä taistele niin usein kuin tavalliset simpanssit.
Molempien lajien simpanssit ovat erittäin älykkäitä, yksi älykkäimmistä eläimistä ihmisten lisäksi. Kuten muut suuret apinat (gorillat ja orangutanit), simpanssit ovat työkalujen käyttäjiä, jotka kykenevät rakentamaan omia alkeellisia työkalujaan ja käyttämään niitä kulttuurisesti erityisillä tavoilla. Ennen työkalujen käytön havaitsemista simpansseissa uskottiin, että vain ihmiset kykenivät käyttämään työkaluja. Samoin kuin ihmiset, simpanssit ovat tilatietoisia ja kykeneviä manipuloimaan ja pettämään. He ryhtyvät toimiin sekä hyödyllisyyden että sosiaalisen esityksen suhteen. Simpanssin kognition testit ovat osoittaneet, että he voivat käyttää symboleja ja ymmärtää kielen tiettyjä piirteitä, mukaan lukien relaatiosyntaksi ja numeeristen sekvenssien käsitteet.
Simpanssit kykenevät empatiaan ja voivat tuottaa naurun kaltaisia ääniä, mikä on saattanut turmeltuneeksi Aristotelesen lainauksen, jonka mukaan “vain ihmiseläin nauraa”. Simpanssit ovat yksi harvoista lajeista, jotka voivat läpäistä peilitestin, eli tunnistaa pään otsastaan peiliin katsottuaan. Tätä pidetään tärkeänä itsetuntemuksen indikaattorina.