Southern blot on tekniikka, jota käytetään näytteen DNA: n havaitsemiseen ja sen määrän määrittämiseen. Tämä menetelmä on nimetty brittiläisen biologin Edwin Southernin puolesta, joka oli tekniikan edelläkävijä 1970 -luvulla. Southern blot -analyysi käyttää geelielektroforeesia DNA -fragmenttien erottamiseksi näytteestä ja käyttää sitten koettimia kiinnostuksen kohteena olevien DNA -sekvenssien havaitsemiseen.
Southern -blottaus alkaa DNA -näytteellä, joka on uutettu soluista. DNA: ta käsitellään restriktioentsyymeillä, jotka pilkkovat nukleiinihapon erikokoisiksi fragmentteiksi. Seuraavaksi DNA ajetaan denaturoivan agaroosigeelielektroforeesin läpi. Tämä prosessi erottaa palaset yksittäisiksi juosteiksi samalla kun ne erotetaan myös koon mukaan.
Seuraava vaihe Southern -blotissa on siirtää erotetut DNA -fragmentit nylon- tai nitroselluloosa -arkkiin, joka pitää fragmentit liikkumattomina. Tämän jälkeen levyä inkuboidaan yksijuosteisen DNA: n hybridisaatiokoettimen kanssa. Koettimen sekvenssi on suunniteltu siten, että se sitoutuu DNA -sekvenssiin, jonka koe yrittää havaita. Jokainen koetinfragmentti sitoutuu sen komplementaariseen DNA-sekvenssiin, jos se on näytteessä, muodostaen osan kaksijuosteisesta DNA: sta. Koetin on merkitty radioaktiivisella isotoopilla tai entsyymillä. Samassa kokeessa voidaan käyttää useita koettimia.
Kun inkubaatio on valmis, Southern blot -prosessin viimeinen vaihe on paljastaa paikat, joissa koetin on sitoutunut komplementaariseen DNA: han. Jos koetin oli merkitty radioaktiivisella isotoopilla, tämä tehdään käyttämällä röntgensäteitä havaitsemaan pisteitä, joissa anturi on hybridisoitunut näytteen DNA-fragmentteihin. Kun käytetään entsyymiä, suoritetaan lisäinkubaatio. Tätä tarkoitusta varten käytetään entsyymiä, joka tuottaa värillistä tuotetta, kun se reagoi substraatinsa kanssa, joten Southern -blotti suoritetaan lisäämällä substraattia paljastamaan paikat, joissa koetin -DNA on sitoutunut näyte -DNA: han.
Southern blotit ovat hyödyllisiä monista syistä. Yksinkertaisin tekniikan käyttö on koettimen käyttäminen sellaisten DNA -sekvenssien tunnistamiseksi, jotka ovat kiinnostavia tai jotka on eristettävä muihin tarkoituksiin. Southern -blottausta käytetään myös määrittämään, kuinka monta tietyn sekvenssin kopiota on näytteessä. Tämä on mahdollista, koska voimakkaampi radioaktiivinen tai entsymaattinen signaali syntyy, kun sekvenssistä on enemmän kopioita ja sitoutunut koettimiin.
Toinen yleinen tekniikan käyttö on bakteerien ja muiden mikro -organismien geneettinen käsittely. Tässä tapauksessa bakteeri -DNA: ta tutkitaan sen määrittämiseksi, onko vieras DNA lisätty onnistuneesti bakteereihin. Southern -blottaus on myös perusta restriktiofragmentin pituiselle polymorfismitekniikalle.