Pysäytyskodoni on nukleiinihappotripletti lähetti-RNA:ssa (mRNA), joka ei koodaa aminohappoa ja pysäyttää siten proteiinin tuotannon. Pohjimmiltaan lopetuskodoni kertoo mRNA-koodia suorittaville ribosomeille, että on aika lopettaa; sitä voisi ajatella melkein rei’itettynä viivana paperiarkissa, joka ilmaisee “repäisi täällä”. Ilman stop-kodonia RNA:sta valmistetut proteiinit koostuisivat loputtomista aminohappoketjuista, koska ribosomit eivät tietäisi milloin lopettaa.
Stopkodoneja on myös DNA:ssa, joten ne siirtyvät, kun DNA transkriptoidaan RNA:ksi. DNA:ssa kolme lopetuskodonia ovat TAA, TAG ja TGA. Nämä kolmoset ovat “hölynpölyä” kodoneja, jotka eivät koodaa mitään, mikä vähentää virheen tekemisen riskiä. Kun se transkriptoidaan RNA:ksi, lopetuskodonit ovat UAA, UAG ja UGA.
Proteiinin aminohappoketjun pituus voi vaihdella, mikä tarkoittaa, että lopetuskodoneja löytyy vaihtelevin väliajoin koodaavasta DNA:sta ja RNA:sta, geneettisen koodin alueista, jotka sisältävät tietoa, joka on suoritettava proteiinien valmistamiseksi. Stop-kodonit voidaan tunnistaa, kun DNA sekvensoidaan, ja niitä voidaan käyttää tunnistamaan geneettisen koodin tietyt paikat, jotka vastaavat tiettyjä proteiineja ja siten tiettyä geneettistä informaatiota.
Kuten muillakin DNA:n alueilla, on mahdollista, että mutaatio ilmaantuu stop-kodonissa. Kodoni voidaan transkriptoida väärin tai kodonin nukleiinihapot voidaan vaihtaa pois, mikä aiheuttaa ongelmia, kun ribosomit siirtyvät kääntämään mRNA:ta aminohappoketjujen rakentamiseksi. Yhdessä solussa tämä voi johtaa satunnaiseen mutaatioon, joka aiheuttaa solun kuoleman tai toimintahäiriön. Jos kuitenkin sukusolun lopetuskodoneissa tapahtuu virheitä ja kyseinen sukusolu liittyy yhteen toisesta organismista, tuloksena olevalla organismilla on synnynnäinen mutaatio, ja joissakin tapauksissa mutaatio voi olla niin vakava, että organismi ei voi elää. .
Geneetikot voivat käyttää tietämystään lopetuskodoneista selvittääkseen tietoa DNA- tai RNA-palasta. Etsimällä lopetuskodoneja, he voivat tunnistaa tietyt aminohappoketjut ja määrittää, mitä proteiineja geneettinen materiaali koodaa. Näitä tietoja voidaan käyttää saadaksesi lisätietoja siitä, mitä se tekee ja mitä tapahtuu, kun se menee pieleen. Pysäytyskodonin löytäminen voi olla hyödyllistä tutkittaessa DNA:ta ja RNA:ta saadaksesi lisätietoja tunnistetusta mutaatiosta tai muunnelmasta.