Antibioottien ja immuunijärjestelmän välinen suhde on monimutkainen, mikä on tärkeää ymmärtää. Monissa tapauksissa antibiootteja tarvitaan erilaisten bakteerisairauksien ja infektioiden hoitoon, jotka voivat olla kohtalokkaita, jos niitä ei käsitellä. Tarpeettomien antibioottien jatkuva käyttö tai jopa niiden usein käyttö laillisissa olosuhteissa voi itse asiassa heikentää immuunijärjestelmää. Tämän seurauksena yhteys antibioottien ja immuunijärjestelmän välillä on usein kaksiteräinen miekka; ihmiset saattavat tarvita niitä selviytyäkseen, mutta heillä on myös mahdollisuus heikentää immuunijärjestelmää ja aiheuttaa suurempia ongelmia pitkällä aikavälillä.
Immuunijärjestelmä pysyy kehossa herkässä tasapainossa; yksi osa tätä on tuottaa terveitä bakteereja, jotka auttavat ruoansulatusta. Kun antibiootteja käytetään, ne tappavat kaikki bakteerit kehon kohdealueella, eivät vain vahingollisia bakteereja. Tämä voi johtaa jotain, jota kutsutaan bakteerien epätasapainoksi, ja voi aiheuttaa Candida -kasvua, jota kutsutaan sitten hiiva -infektioksi. Tämä voi vaikuttaa suuhun, sukupuolielimiin tai muihin kehon alueisiin. Tämä on vain yksi tapa vaikuttaa antibiooteihin ja immuunijärjestelmään, mutta se on yksi yleisimmistä.
Toinen tapa yhdistää antibiootit ja immuunijärjestelmä on, kun bakteerit alkavat tulla antibioottiresistentteiksi. Jos henkilö ottaa antibiootteja eikä kaikkia bakteereja tapeta riittävästi tai yksi bakteeri pystyy vastustamaan lääkkeitä, nämä bakteerit voivat sitten lisääntyä ja levitä, mikä edellyttää aggressiivisempaa antibioottihoitoa. On siis helppoa seurata polkua ja nähdä, kuinka tietyt sairaudet tai infektiot voivat tulla antibioottiresistentteiksi ja levitä nopeasti koko väestöön. Tämä on yksi suurimmista antibioottien liiallisen käytön peloista nykyään; samoin se on syy siihen, että kun potilas on määrännyt lääkkeen, hänen tulee aina suorittaa koko lääkitys, vaikka oireet häviäisivät aikaisemmin.
Jopa yksilötasolla henkilön, jolla on usein antibiootteja vaativia infektioita, on suoritettava vahvempia, pidempiä kursseja tappaakseen taudin, mikä voi vähitellen heikentää immuunijärjestelmää. Antibioottien ja immuunijärjestelmän välinen yhteys on myös huolenaihe, kun niitä lisätään elintarvikkeisiin, koska niitä annetaan usein tuotantoeläimille tuotantoeläimille. ihmiset sitten kuluttavat pieniä annoksia antibiootteja päivittäin eivätkä välttämättä edes huomaa sitä. Vaikka antibiootit ovat varmasti hieno edistysaskel lääketieteellisessä tekniikassa ja ovat pelastaneet monien ihmisten hengen, on tärkeää ymmärtää tämän hoidon hyvät ja huonot puolet ja käyttää niitä vain silloin, kun niitä todella tarvitaan.