Progesteroni ja kuukautiskierto liittyvät läheisesti toisiinsa, koska kuukautiset eivät voi esiintyä ilman tätä hormonia. Progesteroni toimii estrogeenin kanssa paksuntaakseen kohdun limakalvoa, ja äkillinen progesteronin lasku saa sen irtoamaan kuukautisten aikana, jos raskautta ei tapahdu. Tämä hormoni on tärkeä myös raskauden sattuessa, koska korkeat progesteronitasot varmistavat sikiön asianmukaisen kehityksen. Lisäksi progesteronin ja estrogeenin välinen epätasapaino voi johtaa premenstruaaliseen oireyhtymään (PMS). Jotkut naiset käyttävät progesteronin ja kuukautiskierron välistä suhdetta edukseen, koska tämä hormoni voi sekä estää että parantaa raskautta, kun läsnä on eri määriä.
Kuukautisten follikulaarivaiheessa sekä progesteronin että estrogeenin pitoisuudet ovat melko alhaiset, mutta ne nousevat myöhemmin, estrogeeni ovulaatiovaiheen aikana ja progesteroni luteaalivaiheen aikana. Kun uusi muna kypsyy follikkelissa, progesteroni ja estrogeeni auttavat paksuuntumaan kohdun limakalvoon raskauden sattuessa, jotta alkio voi istuttaa kunnolla. Lisäksi progesteronitaso pysyy korkeana, jotta sikiö voi kehittyä kunnolla ja antaa veren kiertää kohdussa. Toinen tämän hormonin tehtävä raskauden aikana on luoda limatulppa, joka suojaa sikiötä bakteereilta, jotka tulevat kohtuun. Tämän hormonin puute voi johtaa keskenmenoon, minkä vuoksi progesteroni ja kuukautiskierto ovat tärkeitä naisille, jotka haluavat synnyttää vauvan.
Progesteronitasot nousevat ovulaation jälkeen ja jos raskautta ei tapahdu, progesteronitasot laskevat äkillisesti aiheuttaen kohdun limakalvon irtoamisen kuukautisten aikana. Juuri ennen progesteronin laskua monet naiset kärsivät kuitenkin PMS: stä, mikä johtuu hormonien epätasapainosta. Progesteronitaso nousee usein tässä vaiheessa, mikä voi saada naiset tuntemaan nälkää tavallista enemmän. Monet naiset valittavat myös turvotuksesta juuri ennen kuukautisia, mikä johtuu progesteronin taipumuksesta saada munuaiset varastoimaan sekä vettä että suolaa. Lisäksi naiset huomaavat usein suurempia, kiinteämpiä rintoja, koska kudos suurenee tämän hormonin seurauksena, mikä on vain yksi tapa, jolla progesteroni toimii yhdessä kuukautiskierron kanssa myös raskauden jälkeen.
Jotkut naiset hyödyntävät progesteronin ja kuukautiskierron välistä suhdetta lisäämällä enemmän tätä naishormonia kehoonsa saavuttaakseen erilaisia tuloksia. Jotkut naiset voivat esimerkiksi estää keskenmenon, joka johtuu alhaisesta progesteronipitoisuudesta ottamalla pillereitä, injektioita tai peräpuikkoja, jotka sisältävät tätä hormonia. Muut naiset, jotka yrittävät estää raskautta, käyttävät vain progesteronia sisältäviä ehkäisypillereitä, jotka voivat sakeuttaa kohdunkaulan liman, joten siittiöiden on vaikea päästä kohdunkaulaan. Se voi myös ohentaa kohdun limakalvoa, koska tämän hormonin lisääntyminen, jota seuraa äkillinen lasku, pitää limakalvon liian paksuna. Vain progesteronia sisältävillä ehkäisypillereillä on vähemmän sivuvaikutuksia kuin yhdistelmäpillereillä, jotka sisältävät myös estrogeenia, mikä tekee niistä houkuttelevia joillekin naisille. Naisten tulisi valita paras hoito lääkärinsä neuvojen ja valvonnan perusteella.