Sukupuoli-identiteetti on monimutkainen termi, joka vastaa karkeasti ihmisten ydinuskomusta sukupuolensa suhteen ja siitä, mihin heillä on yhteiskunnan oikeus tehdä sukupuoleen liittyvien yhteiskunnallisten käsitysten perusteella. Ulkoiset tai geneettiset yhteensopivuusmerkit vahvistavat usein ydinuskon. Naisella, joka uskoo olevansa nainen, on todisteita tästä kromosomirakenteensa (kaksi x-kromosomia) ja se tosiasia, että hänellä on rinnat ja emätin. Miehillä on samanlainen todiste sukupuoli-identiteetistään. Joskus tilanne muuttuu paljon hämmentävämmäksi, koska ydinsukupuoli-identiteetti ei vastaa kromosomeja tai ulkonäköä, ja tämä saa jotkut ihmiset tuntemaan olonsa sukupuolettomiksi tai ikään kuin ovat loukussa vääräntyyppiseen kehoon.
On edelleen monia kysymyksiä siitä, miten ihmiset muodostavat sukupuoli-identiteettinsä. Kromosomit voivat vaikuttaa joihinkin siihen, ja muut osat voivat kehittyä lasten syntymän ja kasvaessa. On epäselvää, miksi identiteetti liittyy niin usein tietyn sukupuolen fyysisiin aikuisen oireisiin. Nuorilla pojilla tai nuorilla tytöillä ei ole rintoja, häpykarvoja tai laajentuneita sukupuolielimiä, ja silti he saattavat nähdä nämä asiat osana sukupuolta.
Selvempää on, että kun lapset kehittävät oman sukupuoli-identiteettinsä, yhteiskunta todennäköisesti vahvistaa sen sisältämää makrokosmosta mikrokosmukseen. Yhteiskunnassa jokainen saa viestejä sukupuolen rooleista, ja ne todennäköisesti vaikuttavat ihmisen päätöksiin siitä, mikä on mahdollista sukupuoleen liittyvien perinteisten arvojen perusteella. Aina löytyy ihmisiä, jotka murtautuvat muotin läpi ja tekevät jotain, joka ei normaalisti liity sukupuoleen, ja näillä ihmisillä voi joko olla rooli sukupuoleen liittyvien ajatusten muuttamisessa tai heitä saatetaan arvostella epänais- tai epämiehekkäästä käyttäytymisestä.
Monissa yhteiskunnissa on melko liberaali asenne naisten ja miesten roolien muuttumiseen, joten haasteita on edelleen ihmisille, joilla on erilaisia identiteettiongelmia. Yksi suurimmista haasteista sallivammissa yhteiskunnissa kohtaavat ne, joilla on vertaansa vailla oleva sukupuoli-identiteetti sisältä ja ulkoa. Joko halu elää ilman sukupuolta tai vahva vakaumus siitä, että ihminen todella on eri sukupuolta kuin hänen fyysinen minänsä, voi osoittautua erittäin vaikeaksi. Länsimaisissa yhteiskunnissa tätä asiaa käsitellään useammin, ja kun otetaan huomioon keinot, henkilö, joka todella tuntee olevansa väärää sukupuolta, voi joutua sukupuolenvaihtoleikkaukseen, jossa poistetaan todisteet toisesta sukupuolesta ja luodaan todisteita toisesta.
Ihmisen perhe tai yhteiskunta ei aina ota tätä askelta hyvin vastaan. Lisäksi on joitain luontaisia fyysisiä vaikeuksia, jotka voivat olla ongelma joillekin ihmisille, kuten hormonien ottaminen, joita kyseinen sukupuoli ei yleensä tuota, suuri määrä. Nämä siirtymät ovat erittäin haastavia, ja leikkausta tarjoavat klinikat vaativat usein tietyn määrän neuvontaa ennen ja jälkeen, koska sukupuolen vaihtaminen on hämmentävää ja pysyvää. Jotkut, jotka ottavat tämän askeleen, kertovat olevansa tyytyväisiä, koska sisäinen sukupuolituntemus lopulta vastaa ulkonäköä.