Sukupuolielinten rekonstruktiivinen leikkaus viittaa yleensä leikkaukseen, joka korjaa trauman tai sairauden aiheuttamia synnynnäisiä vikoja tai epämuodostumia sukuelinten alueella. Tämäntyyppistä leikkausta voidaan kutsua myös intersukupuoliseksi leikkaukseksi, joka on suunniteltu korjaamaan epäsäännöllisten ulkoisten sukupuolielinten kanssa syntyneiden vauvojen viat. Sukupuolenvaihdosleikkaus edustaa toista sukupuolielinten rekonstruktiivisen leikkauksen muotoa, jonka transsukupuoliset tai transsukupuoliset henkilöt valitsevat. Sukupuolielinten rekonstruktiivista leikkausta saatetaan hakea kosmeettisista syistä, kun taas muut toimenpiteet voivat sallia normaalin seksuaalisen toiminnan.
Intersukupuolisten sukupuolielinten rekonstruktiivinen leikkaus voidaan suorittaa imeväisille, lapsille tai aikuisille, joilla on synnynnäisiä vikoja. Naisilla leikkaus saattaa pienentää klitoriksen kokoa, luoda aukon kuukautisille ja poistaa kivekset. Poikavauvaoperaatiot saattavat hoitaa laskemattomia kiveksiä ja avata polun virtsaamiseen. Näiden leikkausten tarkoituksena on tyypillisesti saada sukupuolielimet näyttämään normaalilta lapsella, joka on syntynyt sukupuolielimillä, jotka eivät kehity yksinomaan mieheksi tai naiseksi.
Transsukupuolisten sukupuolielinten rekonstruktiivinen leikkaus saattaa muuttaa sukupuolielinten ulkonäköä naisesta mieheksi. Peniksen implantit ja kivespussin luominen muualta kehosta otetuista kudoksista edustavat kahta yleistä menettelyä. Uuteen kivespussiin sijoitettuja suolaliuos- tai geeli-implantteja esiintyy yleisesti naisten ja miesten sukuelinten rekonstruktiivisessa leikkauksessa. Näihin toimenpiteisiin voi kuulua peniksen luominen suusta tai emättimestä otetusta kudoksesta. Implantoitu sauva tai pumppulaite saattaa sallia erektion, jos mikrokirurgia yhdistää verisuonet ja hermot onnistuneesti.
Sukupuolielinten sukupuolielinten rekonstruktiivinen leikkaus miehille voi sisältää klitoriksen luomisen käyttämällä osaa peniksestä, joka sisältää hermopäätteitä. Tämä saattaa antaa trans-seksuaalisen miehen ja naisen säilyttää tunteensa ja kykynsä saavuttaa orgasmi. Leikkaus voi sisältää myös peniksen tai kivespussin kudoksen käytön emättimen luomiseksi. Kun tämä kudos ei ole sopiva, osaa paksusuolesta voidaan käyttää emättimen muovaamiseen. Siirretty kudos voi toimia myös emättimen sisä- ja ulkohuulina.
Sukupuolielinten rekonstruktiivista leikkausta saatetaan hakea myös puhtaasti kosmeettisista syistä. Jotkut miehet ovat syntyneet virtsa -aukon peniksen alapuolella tai peniksen, joka kaartuu. Lihavat miehet saattavat huomata, että heidän peniksensä eivät ole näkyvissä, koska niitä ympäröi rasva. Yleensä plastiikkakirurgi suorittaa leikkaukset näiden vikojen korjaamiseksi.
Nainen saattaa haluta leikkausta synnytyksen venyttämän emättimen kiristämiseksi. Muut rekonstruktiiviset toimenpiteet saattavat pienentää häpyalueen kokoa, jota kutsutaan häpyhuultiksi, kun se aiheuttaa epämiellyttävän pullistuman vaatteiden läpi. Ylimääräinen rasva voidaan poistaa myös rasvaimulla.