Suojattu käyttöjärjestelmä viittaa yleensä yhteen kahdesta asiasta; käyttöjärjestelmä, joka keskittyy voimakkaasti sisäiseen ja ulkoiseen turvallisuuteen, tai käyttöjärjestelmä, jolla on ulkoinen tietoturvasertifikaatti. Kummassakin tapauksessa näiden käyttöjärjestelmien suojaustaso on keskimääräistä korkeampi. Tämän seurauksena suojattua käyttöjärjestelmää käytetään yleensä paikoissa, jotka tallentavat tärkeitä tietoja tai joihin kohdistuu vakava hyökkäysriski.
Useat käyttöjärjestelmät keskittyvät turvallisuuteen yhtenä tärkeimmistä rakennuskohteistaan. Näissä järjestelmissä on usein suojattuja ominaisuuksia ja kevyt salaus, joka on rakennettu suoraan niiden koodiin. Tämä on toisin kuin tavallinen käyttöjärjestelmä, joka yleensä perustuu kolmannen osapuolen ohjelmiin. Koska nämä ohjelmat eivät lataudu osana käyttöjärjestelmää, on aina pieni ikkuna niiden ohittamiseen. Turvallisessa käyttöjärjestelmässä suojaukset ovat erottamattomia eivätkä irrotettavissa koko käyttöjärjestelmästä. siksi niiden kiertäminen on paljon vaikeampaa.
Jotkut näistä turvallisista käyttöjärjestelmistä on suunniteltu tiettyyn käyttöön eikä mitään muuta. Esimerkiksi laitteistopalomuurin tai todennuspalvelimen ohjelmointi on usein muunnelma yleisessä käyttöjärjestelmässä. Näissä tapauksissa järjestelmä on edelleen olemassa; se on yksinkertaisesti piilotettu turvakäytäntöjen edellyttämiin paljaisiin ominaisuuksiin.
Jotkin vakiokäyttöjärjestelmät saavat ulkoisen arvopaperijärjestelmän hyväksynnän. Tämäntyyppinen suojattu käyttöjärjestelmä on yleensä hyvin samanlainen kuin tavallinen käyttäjäversio, usein pienillä muutoksilla. Nämä muutokset tekevät tietyistä järjestelmän alueista turvallisempia, mutta eivät muuta järjestelmän yleisiä menetelmiä ja toimintoja.
Yleensä turvallista käyttöjärjestelmää käytetään riskialttiissa paikoissa. Käyttöjärjestelmä tarjoaa ensimmäisen tason suojan tunkeutumista ja tietovarkauksia vastaan. Jopa turvallisuussuuntautuneella käyttöjärjestelmällä ei ole epätavallista löytää muita salaus- ja suojauskerroksia tietokoneesta. Nämä kolmannen osapuolen lisäohjelmat poistavat sisäänrakennettujen ohjelmien puutteet ja suojaavat järjestelmää edelleen.
Jopa suojatulla käyttöjärjestelmällä käyttäjän toiminnalla on valtava rooli yleisessä turvallisuudessa. Tavalliselle käyttäjälle turvallisuus on usein käytettävyyden toisella sijalla. Tämän seurauksena monet käyttäjät sammuttavat tietyt turvajärjestelmät, kun he haittaavat tietokoneen käyttöä. Monissa suojatuissa järjestelmissä on suojatoimenpiteitä, jotka estävät käyttäjien häiriöt tai kytkevät suojaukset takaisin päälle automaattisesti. Tämä auttaa ylläpitämään perusturvatason myös silloin, kun tietyt toiminnot ovat häiriintyneitä.