Ihmiskehossa asuu useita suolistobakteereja, joista jotkut ovat hyödyllisiä ruoansulatusprosessille ja toiset voivat olla tuhoisia, varsinkin kun niitä on runsaasti. Probiootit ovat hyödyllisiä suolistobakteerien muotoja, samoin kuin jotkut E. coli -kannat ja jotkut Streptococcus -muodot. Haitallisia bakteerityyppejä ovat H. pylori, Salmonella ja jotkut E. colin kannat. Mahdollisista suolistobakteereita koskevista yksilöllisistä kysymyksistä on keskusteltava lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Probiootit, kuten Lactobacillus ja Bifidobacteria, ovat luonnossa esiintyviä hyödyllisiä suolistobakteereja. Sairaus tai väärä ruokavalio voivat häiritä terveiden ja epäterveellisten bakteerien tasapainoa suolistossa. Tästä syystä probioottilisistä on tullut yhä suositumpi tapa auttaa palauttamaan suolistobakteerien luonnollinen tasapaino. Näitä lisäravinteita on saatavana useimmista apteekeista, eivätkä ne vaadi lääkärin reseptiä, vaikka on aina viisasta neuvotella lääkärin kanssa ennen minkäänlaisen ravintolisän aloittamista.
Salmonella on eräänlainen haitallinen suolistobakteeri, joka tyypillisesti tulee kehoon ruokamyrkytyksen seurauksena. Vatsakrampit, kuume ja ripuli ovat tavallisia Salmonella -myrkytyksen oireita. Useimmissa tapauksissa oireet häviävät itsestään muutamassa päivässä, vaikka lääketieteellinen interventio voi joskus olla tarpeen. Vakavat salmonellatapaukset voivat aiheuttaa vakavia sairauksia tai jopa kuoleman, joten kaikista epäillyistä salmonellamyrkytyksen oireista on ilmoitettava lääkärille lääkärin arviointia varten.
Jotkut E. coli -bakteerikannat ovat todella hyödyllisiä ruoansulatuskanavan terveyden ylläpitämisessä, kun taas toiset kannat voivat aiheuttaa keskivaikeaa tai vaikeaa sairautta. Tämän tyyppisten haitallisten suolistobakteerien lähteitä ovat alikypsytetty liha ja saastuneiden ulosteiden kanssa kosketuksiin joutuneet tuotteet. Jotkut yleisimmistä E. coli -myrkytyksen oireista ovat kivuliaat suolistokrampit, verinen ripuli ja kuume. Monissa tapauksissa oireet häviävät muutamassa viikossa ilman lääketieteellistä apua, vaikka mahdollisesti kuolemaan johtavia komplikaatioita voi esiintyä.
Listeria on eräänlainen haitallinen suolistobakteeri, jota esiintyy joskus vedessä tai maaperässä ja joka voi saastuttaa lähes kaikenlaisia elintarvikkeita. Listeria-myrkytyksen oireet alkavat usein flunssan kaltaisina oireina, kuten kuumana ja väsymyksenä. Sydän, maksa ja perna voivat myöhemmin suurentua, ja potilas voi sairastua vakavasti, mikä vaatii usein sairaalahoitoa. Raskaana olevat naiset ovat erityisen alttiita tämän tyyppisille bakteeri-infektioille, varsinkin kun he käyttävät alikypsää lihaa tai vajaakäsiteltyä maitoa tai tuotteita.