Suun mikrobiologia tutkii suussa asuvia bakteereja, sieniä ja viruksia. Nämä pienet ihmisfloorat elävät usein tiiviisti pakattuna hyytelömäisissä massoissa, joita kutsutaan biofilmeiksi. Vaikka tiettyjen bakteerikantojen on perinteisesti katsottu aiheuttavan iensairauksia ja hampaiden reikiintymistä, suun mikrobiologia on monimutkaista. Yhden mikro-organismin toiminnot ja vaikutukset voivat vaikuttaa toisen mikro-organismin vaikutuksiin, ja koko pesäke muodostaa oman pienen ekosysteeminsä suuonteloon. Tutkijat jatkavat lisätietoa terveiden ja epäterveiden suussa olevien erityyppisten mikrobien merkityksestä.
Suun mikrobiologian tutkimusta vaikeuttaa, koska monet suussa kolonisoivat mikro-organismit eivät kasva laboratorio-olosuhteissa. Viime aikoina bakteerien tunnistamisen edistyminen on mahdollistanut mikro-organismien keräämisen ja tunnistamisen niiden DNA:sta. Tätä tekniikkaa on käytetty ihmisen mikrobiomiprojektissa, jonka tavoitteena on kartoittaa kaikki kehossa normaalisti esiintyvät bakteerit. Erilaisten mikro-organismien lukumäärän suussa on todettu olevan yli 700.
Vuorovaikutus eri mikro-organismien välillä voi tarkoittaa, että jotkut mikrobit tuottavat tekijöitä, jotka estävät tai edistävät toisten kasvua. S. mutans -bakteeri, jonka tiedetään tuottavan happoa, joka aiheuttaa hampaiden reikiintymistä, voi olla vähemmän uhka terveydelle, jos se asuu lähellä erilaista bakteeria, joka tuottaa alkalista ainetta. Bakteereilla, jotka ovat yleensä suun varhaisia kolonisoijia, on erityisiä kykyjä, joiden ansiosta ne tarttuvat hampaisiin ja ikeneihin, kun taas myöhemmin saapuvat luottavat kiinnittymiseen varhaisiin uudisasukkaisiin.
Kun tutkijat oppivat jatkuvasti lisää suun mikrobiologiasta, näyttää siltä, että pelkkä plakin, joka on mikro-organismeja sisältävä aine, poistaminen ei välttämättä ole paras ratkaisu ien- ja hammassairauksiin. Kaikkien mikrobien poistaminen jättää tilan, johon haitallisemmat mikro-organismit voivat asua. Tämä voisi korvata tasapainoisen bakteeriseoksen, joka ei ehkä ole ollut terveydelle vaarallinen, koska joidenkin mikrobien mahdolliset haitalliset vaikutukset ovat neutraloituneet tai estyivät muiden ympärillä olevien toimesta.
Jotkut suun mikrobiologian tutkijat ovat ehdottaneet, että hyödyllisiä bakteereja voitaisiin käyttää muuttamaan suun sisällä olevien mikrobien tasapainoa. Jos suuonteloon voitaisiin viedä eläviä bakteereja, jotka estäisivät happoa tuottavien mikrobien kasvun ja korvaavat ne harmittomasti, tämä voisi auttaa vähentämään hampaiden reikiintymistä. Toinen menetelmä haitallisten bakteerien poistamiseksi olisi hyökätä niitä vastaan antimikrobisilla aineilla. Ne kiinnittyvät molekyyleihin, jotka sitoutuvat vain haitallisiin lajeihin.