Magneettikuvaus (MRI) on ei-invasiivinen menetelmä, jolla lääkärit muodostavat kolmiulotteisen kuvan kehon sisäisistä rakenteista ilman ionisoivaa säteilyä. Lääkärit keräävät erilaisia tietoja käyttämällä erilaisia MRI-protokollia, joista kaksi yleisintä ovat T-1 MRI ja T-2 MRI. Molemmat käyttävät sähkömagneettisia aaltoja kohdistaakseen positiivisesti varautuneet atomit, kuten vety, joko päästä varpaisiin T-1-magneettikuvauksessa tai vasemmalta oikealle -suunnassa T-2-magneettikuvauksessa. Radiotaajuinen pulssi siirtää sitten atomien pyörimissuuntaa, ja kun pulssi lopetetaan, atomit palaavat normaaliin suuntaukseensa ja antavat signaalin, josta järjestelmä rakentaa kaiun tai kuvan. T-2-magneettikuvaus tuottaa kuvia, joiden resoluutio on pienempi kuin vastaava, T-1-painotettu magneettikuvaus, mutta se korostaa neste- ja solupitoisuuden eroja, mikä tekee T-2-magneettikuvista herkimmät syövän aiheuttamille kehon kudosten muutoksille , tulehdus ja verenkiertohäiriöt.
T-2-painotetut magneettikuvaukset käyttävät valikoivasti pitkää pulssien (TR) välistä aikaa, tyypillisesti 1500–300 millisekuntia, ja pitkää aikaväliä jokaisen pulssin ja analyysin (TE) välillä, tavallisesti 75–250 millisekuntia. T-1-skannauksella, toisin kuin T-2-skannauksella, on lyhyt TR vain 200-700 millisekuntia ja lyhyt TE-aika 20-35 millisekuntia. Päässä T-1-skannaukset tuottavat huomattavan kontrastin aivojen harmaan aineen ja valkoisen aineen ja rasvan aksenttialueiden välillä. T-2 MRI korostaa verta, kudosten turvotusta ja nesteytymisalueita.
Hämmästyttävän voimakkaat signaalit nesteestä T-2-magneettikuvauksessa voivat kätkeä ympäröivän alueen kudoksen poikkeavuuksia. Esimerkiksi T-2-magneettikuvaus tuottaa hyperintensiivisen signaalin aivo-selkäydinnesteestä aivojen nestekanavissa, kammioissa. FLAIR (Fluir-attenuated inversion recovery) vaimentaa nesteen signaalin T-2-magneettikuvauksessa, mikä tekee tästä MRI-lajikkeesta sopivan aivojen periventrikulaarisen valkoisen aineen tutkimiseen. Multippeliskleroosissa plakkia kehittyy kammioita ympäröivään valkoiseen aineeseen. Aivojen plakkien tunnistaminen FLAIR -kuvien avulla on kriittistä diagnoosin tekemisessä.
Nykyaikaiset magneettikuvauslaitteet keräävät tietoja tavalla, jonka avulla lääkäri voi tarkastella kudosviipaleita edestä taakse (sagitaalinen), sivusuunnassa (aksiaalinen) tai ylhäältä alas (koronaalinen) suunnassa ilman potilaan, joka tarvitsee vaihtaa asentoa skannerissa. Kun nämä vaihtoehdot ovat suunnattuja, tilaava lääkäri voi saada parhaat näkymät kiinnostavan anatomisen alueen näyttämiseen. Lisäksi radiologit voivat antaa potilaalle injektoitavan varjoaineen, gadoliniumin, joka muuttaa kudosten paikallista magneettikenttää. Epänormaali kudos reagoi eri tavalla gadoliniumiin kuin normaali kudos, mikä tarjoaa tavan erottaa selkeästi kaikki sairausprosessit.