Massaspektrometri on väline, jota käytetään usein molekyylien massan mittaamiseen, mikä voi auttaa tunnistamaan näytteen yhdisteet. Ladatut hiukkaset, joita kutsutaan ioneiksi, vapautetaan näytteestä ja analysoidaan. Laitetta, jossa on useita analysaattoreita, kutsutaan tandem -massaspektrometriksi (MS/MS). Se kykenee tyypillisesti hajottamaan molekyylejä ja ioneja, ja sitä käytetään usein proteiinien ja muiden orgaanisten aineiden tunnistamiseen. Laite voi sisältää yhden tyyppisiä spektrometrejä tai yhdistää useita niistä; joskus kaksi, kolme tai neljä analysaattoria.
Yhden tyyppinen molekyyli tai proteiini voidaan eristää magneettikentällä tandem -massaspektrometrillä. Ensimmäistä analysaattoria voidaan käyttää tähän. Ionit stabiloidaan usein toisella analysaattorilla ennen kuin molekyylit altistuvat kaasulle. Törmäykset molekyylitasolla saavat hiukkaset hajoamaan sirpaleiksi, jotka kolmas analysaattori havaitsee. Vaikka on olemassa useita menetelmiä molekyylien fragmentoimiseksi, joskus yhtä analysaattoria voidaan käyttää kvadrupoli -ionilukolla, joka altistaa ionit sähkökentille ja poistaa ne radiotaajuuskentästä.
Tandem -massaspektrometrin ilmaisin seuraa tyypillisesti ioniaktiivisuutta. Sitten se luo signaalin, joka lähetetään tietokonejärjestelmään, joka tallentaa tiedot. Graafista käyrää käytetään yleensä osoittamaan, mitä näytteessä on ja mikä on kunkin aineen molekyylimassa. Käyrä voi myös näyttää kunkin näytteen molekyylityypin tai proteiinin määrän. MS/MS: ssä voidaan käyttää erityyppisiä ilmaisimia, mukaan lukien valomonistimet, jotka on suunniteltu havaitsemaan sähkömagneettinen energia, tai elektronikertoimet, jotka ovat tyhjiöputkia, jotka törmäävät elektroneihin virran vahvistamiseksi.
Erilaisia kokeita voidaan suorittaa tandem -massaspektrometrillä. Yleinen on tyypillisesti yhden massan seuranta, jossa ensimmäinen analysaattori sallii hiukkastyypin läpi, kun taas toinen etsii tiettyä fragmenttia. Useiden reaktioiden seurantaan kuuluu erityyppisten ionifragmenttien seuranta toisen analysaattorin avulla. Näitä molempia käytetään usein farmaseuttisissa tutkimuksissa, kun taas prekursori -ioniskannauskokeet auttavat yleensä havaitsemaan ionihäviöitä ja tunnistamaan molekyylikomponentteja, joita ei tunneta.
Tandem -massaspektrometriä voidaan käyttää myös metabolisen seulonnan työkaluna. Sitä on käytetty etsimään vastasyntyneiden häiriöitä, jotka liittyvät aminohapoiksi kutsuttuihin proteiineihin. Veri-, kilpirauhas- ja aineenvaihduntatilat voidaan havaita analysoimalla verinäytteet MS/MS -taudilla laboratorioissa.