Lääketieteessä sairauden patogeneesi on termi, jota käytetään viittaamaan sairauden alkuperään ja kehittymiseen. Taudin patogeneesin tutkimus, johon usein viitataan yksinkertaisesti patogeneesinä, muodostaa osa-aluetta laajemmilta patbiologian ja patologian aloilta. Vaikka patobiologia ja patologia viittaavat sairauden yleiseen biologiaan, kehitykseen ja etenemiseen, patogeneesi keskittyy yleensä tekijöihin, jotka johtavat taudin alkuperäiseen alkuperään.
Monien sairauksien tapauksessa monet tekijät vaikuttavat taudin patogeneesiin. Esimerkiksi yksilöllä voi olla geneettinen taipumus sairauteen, mutta sairaus ei välttämättä tapahdu, ellei läsnä ole myös tiettyjä ympäristötekijöitä. Samoin tietyt tartuntataudit torjuvat usein tartunnan saaneen yksilön toimesta ilman oireita. Tällaiset infektiot voivat aiheuttaa sairauksia esimerkiksi vain, jos niitä aiheuttavat bakteerit tai virukset ovat läsnä ja samalla tartunnan saaneen henkilön immuniteetti heikkenee aliravitsemuksen tai immuunijärjestelmän häiriön vuoksi.
Taudin patogeneesiä on monia erilaisia. Näitä ovat virusten tai bakteerien hyökkäys kehoon, tulehdus kemikaalivasteena, fyysinen trauma, syöpäsolujen esiintyminen ja monet erilaiset geneettiset häiriöt. Koska taudin mahdollisia syitä on niin monia, sairauksien patogeneesiä tutkivat lääkärit ja tutkijat ovat usein erikoistuneet yhteen tiettyyn patogeneesin alaan.
Jotkut patogeneesin erikoisalat ovat hematopatologia, kliininen mikrobiologia, genetiikka ja immunopatologia. Hematopatologia liittyy veren, luuytimen ja imukudoksen poikkeavuuksiin ja siihen, miten tällaiset poikkeavuudet voivat johtaa sairauksiin. Kliinisessä mikrobiologiassa patogeneesitutkimus sisältää bakteerien ja virusten leviämisen ja lisääntymisen tutkimuksen. Genetiikalla on erittäin tärkeä vaikutus patogeneesiin, koska suuri osa sairauksista on peräisin osittain tai kokonaan tietyn geenin, mutaation tai potilaan geneettisen materiaalin poikkeavuuden seurauksena. Immunopatologialla on erityinen merkitys tartuntatautien sairauden patogeneesissä, koska se liittyy immuunijärjestelmään, mukaan lukien se, miten immuunipuutteet voivat antaa viruksen tai bakteerin tarttua ja aiheuttaa sairauden.
Vaikka jotkut lääkärit ovat erikoistuneet johonkin yllä olevista patogeneesialoista, toiset lääkärit ja tutkijat voivat työskennellä useilla aloilla. Näin on usein henkilöiden kohdalla, jotka tutkivat patogeneesiä, koska se liittyy tiettyyn sairauteen. Joidenkin syöpien tapauksessa taudin täydellisen patogeneesin ymmärtäminen voi sisältää geneettisiä, tarttuvia, kemiallisia ja immunologisia tekijöitä.