Toimitusketjun turvallisuuteen kuuluu rahdin kuljetuksen yleinen suojaaminen maailmanlaajuisesti. Sitä hallinnoivat useat organisaatiot ympäri maailmaa, mukaan lukien Maailman tullijärjestö, terrorismin vastainen tullikauppakumppanuus ja Yhdysvaltojen tulli- ja rajavartiolaitos, jota johtaa sisäisen turvallisuuden ministeriö. Nämä organisaatiot pyrkivät varmistamaan, että rahti kuljetetaan laillisesti ja turvallisesti, jotta varkauksien, terrorismin ja merirosvojen uhka poistuu. Toimitusketjun turvallisuus sisältää ennalta asetetut turvallisuusvaatimukset kunkin maan toimitusketjun suojaamiseksi.
Yleensä toimitusketjun turvallisuus edellyttää, että kuljettajat noudattavat kunkin maan toimitusvaatimuksia. Kuljetukseen osallistuvien henkilöiden on oltava toimitusketjun organisaation hyväksymiä. Tämäntyyppinen turvallisuus edistää myös lastin turvatarkastusta ja tarkastusta, kun se lähetetään, ja parantaa turvallisuutta käyttämällä väärennettyjä tiivisteitä ja lukkoja. Kuljettajien on myös ilmoitettava rahdin sisällöstä etukäteen, kun ne lähetetään toiseen maahan. Tulli- ja rajavalvontahenkilöstö tarkastaa rahdin tyypillisesti kuljettajien saapuessa jokaiseen maahan.
Toimitusketjuverkoston tarkoituksena on yhdistää tuotteita tuovat ja vievät organisaatiot, jotta varmistetaan toimitusketjun paras turvallisuus. Kun nämä organisaatiot ovat sopusoinnussa määräyksistä ja vaatimuksista, toimitusketju etenee turvallisesti suojellakseen asiakkaita, myyjiä ja kunkin maan kansalaisia. Toimitusketjun hallintaan kuuluu rinnakkaisten strategisten suunnitelmien ja liiketoimintojen luominen tavarantoimittajien kesken parantaakseen kunkin yrityksen turvallisuutta ja pitkäikäisyyttä. Ilman varkauksien, terrorismin tai piratismin riskiä toimittajat lisäävät tyypillisesti voittojaan ja asiakkaiden turvallisuus säilyy yleensä.
Hallitsevat toimitusketjun turvajärjestöt, kuten Maailman tullijärjestö, pyrkivät ylläpitämään tehokkaita tullijärjestelmiä toimittajien ja asiakkaiden keskuudessa varmistaakseen, että raaka -aineet tuodaan ja viedään loogisella tavalla. Nämä organisaatiot kehittävät, edistävät ja toteuttavat menettelyjä, joilla säännellään rahtikuljetusta maasta toiseen. Ensisijaisena tavoitteena on suojata toimitusketjuja, parantaa taloudellisia standardeja ja toimittajien tuloja sekä ylläpitää maiden välistä kauppaa. Lisäksi nämä organisaatiot keräävät myös kauppaa, toimitusketjun turvallisuutta ja toimittajien tuloja koskevia tilastotietoja.
Toimitusketjun turvajärjestöt valvovat myös laitonta toimintaa rajoilla. Esimerkiksi Yhdysvaltain raja- ja suojeluvirasto, jota johtaa sisäministeriö, on vastuussa kaupan seurannasta Yhdysvaltoihin saapuessaan ja sieltä poistuttaessa, jotta varmistetaan, että huumeita, aseita tai laittomia aineita ei kuljeteta tai jaeta. Rajavalvontaviranomaiset tarkastavat rahtia ja tarkkailevat yksittäistä sisäänkäyntiä kuljetusten aikana terrorismin, sairauksien ja haitallisten tuholaisten uhan estämiseksi ja toimitusketjun turvallisuuden varmistamiseksi.