Toissijainen infektio on infektio, joka alkaa toisen infektion tai sairauden hoidon aikana tai heti sen jälkeen. Tällaiset infektiot voivat vaihdella vaikeusasteeltaan ja esiintymistiheydeltään riippuen useista tekijöistä, kuten potilaan terveydestä, alkuperäisen ongelman syystä, käytetystä hoitomenetelmästä ja olosuhteista tiloissa, joissa potilasta hoidetaan. Joskus ne ovat riittävän yleisiä, jotta niitä voidaan helposti odottaa, kun taas toisinaan ne voivat olla odottamattomia ja joskus erittäin turhauttavia lääkintähenkilöstölle.
Yksi yleisimmistä syistä sekundääriseen infektioon on immuunijärjestelmän tukahduttaminen. Jos esimerkiksi joku ottaa antibiootin infektion hoitoon, sieni -infektio voi syntyä, kun sieni kehossa hyödyntää tilannetta, koska antibiootti tappaa hyödyllisiä bakteereja, jotka voivat yleensä pitää sen hallinnassa. Infektio voi ilmetä myös joidenkin hoitojen seurauksena. Esimerkiksi laskimonsisäisten linjojen pitkäaikainen sijoittaminen voi joskus johtaa infektioon.
Tämäntyyppistä infektiota käsitellään yleensä komplikaationa, ja siihen on puututtava erityisesti potilaalla, jolla on heikentynyt immuunijärjestelmä. Esimerkiksi HIV- ja AIDS -potilaat ovat erittäin alttiita toissijaisille infektioille, ja he voivat kuolla, koska heidän immuunijärjestelmänsä eivät pysty toimimaan. Ne voivat myös olla vaarallisia syöpäpotilaille, ihmisille, joille on tehty laaja leikkaus, ja ihmisille, joilla on muita vakavia sairauksia.
Koska nämä infektiot ovat yleinen riski, monilla lääketieteen tarjoajilla on käytössään toimenpiteet varhaisten oireidensa tunnistamiseksi tavoitteena käsitellä tällaisia infektioita nopeasti ennen kuin heillä on mahdollisuus levitä ja aiheuttaa ongelmia potilaalle. Kuume, turvotus, arkuus ja ihon värimuutokset käsitellään erittäin vakavasti, koska nämä oireet voivat viitata infektion leviämiseen. Joissakin tapauksissa potilaille annetaan jopa ennalta ehkäiseviä antibiootteja infektion alkamisen estämiseksi; tämä käytäntö on hyvin yleinen ennen leikkausta.
Joissakin tapauksissa toissijainen infektio voi johtua epäpuhtaista olosuhteista tai epäasianmukaisesta hoidosta. Tämä on erityisen yleistä köyhissä yhteisöissä, joilla ei ehkä ole tarvittavia resursseja pitääkseen klinikoitaan ja sairaaloitaan niin puhtaina kuin niiden pitää olla, etenkin tautiepidemioiden aikana. Rikkaammassa yhteisössä sairaalavirheen vuoksi kehittyneitä käsitellään usein oikeusjutun perusteena, joten hoitohenkilökunnalla on toinen syy estää heitä potilaissaan.