Termiä “aspiraatio” käytetään kahdessa eri lääketieteellisessä merkityksessä. Ensimmäisessä mielessä se viittaa keuhkoaspiraatioon, jossa ihmiset imevät vieraita kappaleita henkitorveensa ja keuhkoihinsa tai puhaltavat vieraita kappaleita, esimerkiksi hengityslaitteen avulla. Toisessa mielessä aspiraatio on eräänlainen lääketieteellinen toimenpide, jossa aine imetään tai poistetaan poistettavaksi. Tarkoitettu merkitys selviää yleensä asiayhteydestä.
Keuhkoaspiraatio voi olla erittäin vaarallista. Yksi keuhkoaspiraation muoto voi ilmetä, kun ihmiset oksentavat ja osa oksentelusta pääsee keuhkoihin. Ihmiset voivat myös hengittää ruokaa tai juomaa tai hengittää vieraita kappaleita, kuten ilmassa olevaa pölyä. Vieraiden aineiden hengittäminen ärsyttää keuhkojen herkkiä kudoksia ja voi johtaa tulehdukseen ja aspiraatiokeuhkokuumeeseen. Hoito potilaille, jotka ovat pyrkineet johonkin, riippuu siitä, mitä se on ja muista tekijöistä.
Aspiraatiovaara on avainkysymys, miksi ihmisiä kehotetaan pidättäytymään syömästä ennen yleistä leikkausta. Huolena on, että potilas saattaa oksentaa leikkauksen aikana tai välittömästi sen jälkeen, ja hän voi olla vaarassa imeä osan oksenteluista. Aspiraatio on myös huolenaihe, kun ihmiset menettävät tajuntansa huumeiden yliannostuksen, loukkaantumisen tai alkoholinkäytön seurauksena, mikä on yksi syy siihen, miksi ihmisiä ei pidä jättää yksin näissä tilanteissa.
Aspiraatio lääketieteellisenä toimenpiteenä voidaan tehdä monella tavalla. Esimerkiksi aspirointibiopsiassa neulaa käytetään nesteen ottamiseen näytteitä varten ja neste imetään neulaan vetämällä mäntää. Tätä tekniikkaa voidaan käyttää puhtaan virtsanäytteen ottamiseen virtsarakosta, luuytimenäytteen ottamiseen tai nesteen ottamiseen paiseesta. Aspiraatiota voidaan käyttää myös liman poistamiseen nenästä ja suusta, veren poistamiseksi leikkauskohdasta tai nesteen kertymisen poistamiseen kehosta.
Joissakin aspiraatiotoimenpiteissä potilas voi saada anestesiaa, koska se voi olla tuskallista. Muissa tapauksissa anestesiaa ei tarvita. Esimerkiksi lääkärin, joka käyttää bulb -ruiskua lian poistamiseen vauvan nenästä, ei tarvitse antaa kipua, koska toimenpide ei saisi olla kivulias, kun taas luuydinbiopsiaa ottavan lääkärin on käytettävä anestesiaa, jotta neula ei ole tuskallista potilaalle.