Kun tuholaiset sopeutuvat geneettisesti torjunta -aineisiin eivätkä sen käyttö vaikuta niihin enää, tila tunnetaan torjunta -aineiden kestävyytenä. Tutkimukset osoittavat, että yli 500 tuholaislajia on kehittänyt vastustuskyvyn torjunta -aineille. Tilanne johtuu usein siitä, että samoja torjunta -aineita käytetään toistuvasti pitkän ajan kuluessa; tuholaiset rakentavat vähitellen suvaitsevaisuuden, joka toimii niiden geneettisissä rakenteissa.
Geneettinen koostumus on avain torjunta -aineiden vastustuskykyyn. Kun torjunta -ainetta levitetään maanpinnan yli, on luonnollista, että osa tuholaisista tapetaan ja osa selviytyy. Selviytyneet lisääntyvät – ja tuholaiset pyrkivät lisääntymään erittäin nopeasti – tuloksena jälkeläiset, joilla on sama geneettinen rakenne kuin esivanhemmillaan. Jokaisen peräkkäisen jälkeläissukupolven myötä tämä geneettinen koostumus vain paranee, mikä johtaa lopulta kokonaisiin lajeihin, jotka kehittävät tuholaisten sopeutumiskyvyn.
Torjunta -aineiden kestävyysongelma on erittäin huolestuttava tuholaistorjunnan alalla työskenteleville. Luonnollinen vastaus on käyttää suurempia määriä torjunta -ainetta toivoen tappaakseen viipyneet tuholaiset. Tämä on kuitenkin osoitettu olevan erittäin tehoton reitti, koska saman luokan muut torjunta -aineet vain auttavat tuholaisia kehittämään yhä vahvempia vastustuskykyjä.
Torjunta -aineiden valmistajat määrittelevät torjunta -aineiden kestävyyden hieman eri tavalla – mutta tärkeällä tavalla. Teollisuus ei kutsu sitä torjunta -aineiden kestävyydeksi; he ovat kutsuneet sitä kenttäresistanssiksi. Kenttäkestävyydessä tuholaisten kyky sopeutua torjunta -aineeseen liittyy vain käytetyn torjunta -aineen epäonnistumiseen. Teollisuus sanoo lähinnä, että jos parempaa tuotetta olisi käytetty, tuholaiset eivät olisi kehittäneet vastustuskykyä.
On olemassa useita lajeja, joista on tullut vastustuskykyisiä erilaisille torjunta -aineille. Tietyt hedelmäkärpäset Yhdysvalloissa ovat kehittäneet vastustuskykyä torjunta -aineiden malationille. Yhdistyneessä kuningaskunnassa jotkin rotat ovat sopeutuneet rotamyrkkyyn ja voivat syödä yhä suurempia määriä ilman vaikutusta. Colorado -perunankuoriainen on rakentanut erittäin korkean sietokyvyn tietyille torjunta -aineille: tutkimukset osoittavat, että kestävät hyönteiset kestävät yli 50 lajia.
Torjunta -aineiden vastustuskyvyn torjumiseksi asiantuntijat ehdottavat toisen torjunta -ainelajin käyttöä. Tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että tämä voi olla vaikeaa, koska vuorotellen käytettävät torjunta -aineet tulevat yhä vaikeammiksi. Lyhyellä aikavälillä uusi torjunta -ainelaji voi kuitenkin todennäköisesti edistyä tuholaisten torjunnassa.