Transkriptoomi on täydellinen kokoelma RNA: ta organismista, soluryhmästä tai jopa tietystä solusta. RNA syntetisoidaan DNA: sta prosessilla, joka tunnetaan transkriptiona. Solussa ja kehossa oleva RNA määrittää, mitkä geenit ilmentyvät, ja se muuttuu organismin elämän aikana, toisin kuin DNA, joka pysyy staattisena. Ympäristöpaine on yksi johtavista syistä muutoksiin, koska keho yrittää sopeutua muuttuviin ympäristötilanteisiin säilyttääkseen toimintansa.
Transkriptomi on paljon pienempi kuin organismin genomi, eli täydellinen DNA -kokoelma organismissa. Yksinkertaisesti sanottuna DNA voisi ajatella keittokirjana, jossa luetellaan täydellinen kokoelma reseptejä, joita voidaan tehdä. Transkriptio on koodi, joka määrittää, mitkä reseptit tehdään ja milloin. Keittokirja pysyy muuttumattomana koko elämän ajan, ja transkriptio muuttuu vastauksena ympäristötekijöihin.
Yksi tärkeä osa transkriptomia ovat mRNA -molekyylit. Lähettäjän RNA on RNA, joka kommunikoi solujen ribosomien kanssa ohjatakseen soluja tuottamaan erilaisia proteiineja. Näitä proteiineja käytetään monenlaisiin toimintoihin. Muut osat eivät välttämättä suoraan koodaa proteiinituotantoa, mutta tekevät esimerkiksi solurakenteen määrittämistä ja geeniekspression säätelyä. Transkriptomin eri komponentit yhdessä pitävät organismin toiminnassa ja määrittävät geeniekspression kyseisessä organismissa.
Transkriptomi voi olla kehon eri soluissa hyvin erilainen. Esimerkiksi maksasoluissa on RNA, joka tekee niistä maksasoluja ja varmistaa, että solut suorittavat tarvittavat toiminnot. Toisaalta ihosoluilla on erilainen transkriptio, joka aktivoi geenit, jotka ovat välttämättömiä solun tekemiseksi ihosoluksi. Sekä maksa- että ihosoluilla on täydellinen kopio genomista, mutta niiden transkriptomit määrittävät, mitkä genomin osat aktivoidaan.
Aivan kuten DNA: n kanssa, on mahdollista sekvensoida RNA. Transkriptisekvensointi voidaan tehdä oppiakseen lisää solun ja isäntäorganismin DNA: n toiminnasta ja tunnistaakseen paikat, joissa geneettisen informaation ilmentyminen menee pieleen. Esimerkiksi kun maksasolu muuttuu pahanlaatuiseksi, se johtuu siitä, että transkriptio ei toimi niin kuin pitäisi ja pahanlaatuisuuden geenit ovat aktivoituneet tai solut puuttuvat jollain tavalla, mikä saa ne kasvamaan hallitsemattomasti. RNA: n sekvensointi pahanlaatuisessa solussa voi auttaa tutkijaa selvittämään, mikä geeni on aktivoitu tai inaktivoitu aiheuttamaan pahanlaatuisen kasvaimen.