Tyypillinen kystoskopia suoritetaan virtsarakon tutkimiseksi sekä miehillä että naisilla. Se tehdään avohoidossa, ja useimmat ihmiset voivat palata kotiin yhden tai neljän tunnin kuluessa kokeen päättymisestä. Anestesiaa annetaan yleensä ennen tenttiä mahdollisen kivun tai epämukavuuden poistamiseksi.
Ennen toimenpidettä henkilöä pyydetään saapumaan tuntia ennen tapaamista antamaan virtsanäyte. Kun potilas on näytetty tenttihuoneeseen, hän ottaa vaatteensa, pukee päälle liinan tai paperipuvun ja makaa joko koepöydällä tai jaloillaan jalustissa riippuen käytetystä instrumentista. Tämän jälkeen urologi peittää arkin potilaan kehon alaosan päälle, puhdistaa sukuelinten alueen, pyytää potilasta rentoutumaan ja antaa sitten joko paikallisen, yleisen tai selkäydinpuudutuksen kivun ja epämukavuuden minimoimiseksi.
Kystoskopiaprosessin aikana urologi asettaa virtsaputkeen valaistun kystoskoopin, joka on pitkä, ohut kädessä pidettävä instrumentti, johon on upotettu kameran linssi, joka voi olla joustava tai jäykkä. Kun laite etenee virtsaputken pituuden läpi, voi tuntua lievä pistely tai polttava tunne. Jos virtsaputki on liian kapea kystoskoopin kulkemiseksi, sarja pieniä kirurgisia työkaluja voidaan asettaa kystoskoopin onttoon tilaan virtsaputken halkaisijan hitaasti laajentamiseksi.
Urologi jatkaa kystoskoopin etenemistä, kunnes rakko on saavutettu. Steriili neste voidaan lisätä hitaasti virtsarakkoon kystoskoopin onton tilan kautta. Nesteen lisääminen virtsarakkoon saa virtsarakon seinät laajentumaan, jolloin urologi voi saada selkeän kuvan elimen sisäisestä rakenteesta. Suurentunut virtsarakko aiheuttaa yleensä erittäin epämiellyttävän virtsaamistarpeen, joka kestää kokeen loppuosan. Jos biopsia tai stentin poisto on suunniteltu, urologi suorittaa sen tällä hetkellä.
Kun alempi virtsatie on tutkittu, urologi vetää kystoskoopin varovasti virtsaputkesta. Välineen poistaminen saattaa aiheuttaa epämukavuutta. Sen jälkeen sukuelinten alue pyyhitään puhtaaksi mahdollisesta jäljellä olevasta nesteestä tai voiteluaineesta, joka on käytetty kokeen aikana.
Kystoskopiaprosessin aikana käytetyn anestesian mukaan potilas tarvitsee aikaa tarkkailua varten toimenpiteen jälkeen. Jos käytettiin paikallispuudutetta, potilas voi pukeutua ja lähteä pian pukeutumisen jälkeen. Kun yleis- tai selkäydinpuudutusta käytetään kystoskopiaprosessin aikana, hänen on pysyttävä tarkkailussa yhdestä neljään tuntia kokeen jälkeen. Toisen henkilön on oltava käytettävissä ajamaan hänet kotiin yleis- tai selkärangan puudutuksen jälkeen.