Ubikvitinaatio viittaa ubikitiiniproteiinin sitoutumiseen muihin proteiineihin kolmen eri entsyymin avulla. Ubikvitinaatiomääritys on testi, joka määrittää, kuinka paljon tätä prosessia tapahtuu solussa. Testien avulla voidaan määrittää, kuinka erilaiset olosuhteet vaikuttavat proteiinin sitoutumiseen, vaiheisiin ja rakenteisiin, jotka ovat tärkeitä ubikvitinaatioreitillä, sekä proteiinin määrään solussa. Riittämättömät tai ylimääräiset määrät on yhdistetty monien eri sairauksien kehittymiseen.
Soluissa esiintyvä proteiini, ubikitiinin tehtävä on sitoutua proteiineihin samalla kun se toimii “tagina” tai signaalina muille rakenteille. Tämä “tunniste” antaa sitten entsyymeille tietää, että proteiini voidaan tuhota, kierrättää tai siirtää. Tuloksena on proteiinien tuhoutuminen tai kuljetus.
Nämä merkitsevät proteiinit ovat tärkeitä DNA: n korjaamisessa, virusinfektioissa ja immuunivasteessa. Muita tärkeitä toimintoja ovat roolit solukuolemassa, solujen jakautumisessa ja solujen kehityksessä. Liian paljon ubikitiinia tai sen puute voi vaikuttaa monien sairauksien, kuten syövän, geneettisten häiriöiden ja immuunijärjestelmän sairauksien, muodostumiseen.
Tutkijat käyttävät ubikvitinaatiomääritystä selvittääkseen, mitkä olosuhteet muuttavat proteiinin pitoisuutta solussa ja vertaavat sairaita soluja terveisiin soluihin. Tutkijat käyttävät sitä myös tutkimaan, mitkä olosuhteet aiheuttavat muutoksia sitomiseen. Lisäksi he voivat yrittää linkittää tietyn DNA -koodin entsyymien määrään solussa.
On olemassa useampi kuin yksi ubikvitinaatiotestityyppi, jota tutkijat erityisesti käyttävät. Yksi määrittää ubikintiiniin sitoutuneiden proteiinien prosenttiosuuden. Toinen tutkii entsyymien aktiivisuutta tai muiden ubikinaatioreitillä olevien välituotteiden läsnäoloa. Erilaisia määrityksiä kehitetään kohdeproteiinin perusteella, johon ubikitiini sitoutuu.
Ubikvitinaatiomäärityksen perusta on sisällyttää yhdiste, joka on merkitty käyttämällä toista helposti mitattavaa kemikaalia. Onkologisissa määrityksissä ubikitiini voidaan leimata kryptaatilla, yhdisteellä, joka sisältää kaksi typpiatomia. Tätä voidaan käyttää määrittämään, mikä entsyymi on aktiivisin solussa.
Ubikvitinaatiomäärityksessä on kaksi vaihetta. Ensimmäinen on entsymaattinen vaihe, jossa entsyymit sitovat leimatun ubikitiinin kohdeproteiiniin. Toinen on havaitsemisvaihe, jossa kohdeproteiinin sitoutumista tutkitaan käyttämällä konjugaattia, kuten vasta -ainetta. Vasta -aine fluoresoi tai muuttaa väriä, jolloin tutkija voi määrittää entsyymien aktiivisuuden.