Syvällä aivojen keskellä sijaitsevat vasemmat ja oikeat basaaliset ganglionit ympäröivät talamuksen ja muodostavat kriittisen osan etuaivoista. Näiden ganglioiden uskotaan olevan rakenteeltaan ja toiminnaltaan symmetrisiä. Vaikka tietoa aivosairauksista, jotka vaikuttavat vasempaan basaaliseen gangliaan, on runsaasti, lopullinen, johdonmukainen teoria sen toiminnasta ei ole vielä syntynyt. Uskotaan, että tämä aivojen alue osallistuu toimeenpanoon, oppimiseen ja tunteisiin. Kokeelliset tutkimukset ovat osoittaneet, että nämä ganglionit osallistuvat aktiivisuuden valintaan, toiminnan vaihtamiseen ja liikkeeseen, mutta miten se käyttää estävää aktiivisuuttaan motoristen neuronien aktivoimiseksi, on epäselvää.
Yleisimmät vasemman basaaliganglionin häiriöt ovat Huntingtonin tauti ja Parkinsonin tauti. Molemmille näille tiloille on ominaista liikehäiriöt sekä kognitiivisen joustavuuden ja toimeenpanotoiminnan heikkeneminen. Tämä antaa uskottavuuden teorialle, jonka mukaan tämä aivojen alue on vastuussa aivojen monipuolisista ja monimutkaisista tehtävistä.
Touretten oireyhtymä ja pakko-oireinen häiriö on myös korreloitu vasemman basaalisen ganglion toimintahäiriön kanssa. Tämä ei ole yllättävää, koska monet neurotieteilijät epäilevät, että myös aivojen tämä osa voi välittää toiminnan vaihtamista ja valintaa. Tulokset, jotka osoittavat, että riippuvuutta voidaan välittää tällä alueella, tukevat edelleen teoriaa, jonka mukaan nämä ganglionit säätelevät motivaatiota ja käyttäytymisen oppimista.
Tämä saattaa auttaa selittämään tämän alueen merkityksen selkärankaisten aivoissa. Jokaisella selkärankaisella lajilla on ainakin alkeellisia elementtejä vasemmasta basaalista. Tämä osoittaa, että sillä on todennäköisesti tärkeä rooli liikkeissä, käyttäytymisessä ja alkeellisissa motivaatioimpulsseissa.
Jotkut asiantuntijat uskovat, että vasemman basaalisen ganglionin käyttö estävässä välittäjäaine gamma-aminovoihapossa (GABA) useimmissa neuroneissaan stimuloivan välittäjäaineglutamaatin sijaan lisää vaikeuksia ymmärtää sen toimintaa. Nämä neuronit harjoittavat toimintaansa estämällä kohteidensa toimintaa, joten on olemassa lukemattomia mahdollisuuksia muuttaa vaikutusmerkkejä. Tämä luo mahdollisuuden entistä useammille teorioille siitä, mitkä hermoryhmät toimivat yhdessä saavuttaakseen vaikutuksensa.
Huolimatta GABA: n merkityksestä koko ganglionissa, yhdessä sen osista on korkea kolinergisten neuronien pitoisuus. Jännityssolun solut, vaikka ne muodostavatkin vain pienen osan tästä ganglionista kokonaisuudessaan, käyttävät eksitatiivista välittäjäaine -asetyylikoliinia lähes yksinomaan. Merkittävä määrä alueen neuroneja käyttää myös dopamiinia. Tämä on välittäjäaine, jonka uskotaan hillitsevän sekä motivaatiota että riippuvuutta että sillä on rooli Parkinsonin taudin etenemisessä, joten sen merkitystä vasemman basaalisen ganglionin yleiselle toiminnalle ei voida yliarvioida.