Perusvasta-ainerakenne on Y-muotoinen proteiinimolekyyli, jossa on kaksi raskasta ja kaksi kevyttä polypeptidiketjua. Voidaan visualisoida Y -vasta -ainerakenne hajotettuna V: ksi, joka seisoo pienellä kirjaimella L, jossa on viiva joko V: n ulkoreunalla ja yhdensuuntainen sen kanssa. Pieni L, joka tunnetaan vasta -aineen Fc -alueena, sisältää kaksi raskasta polypeptidiketjua , jotka nousevat ylöspäin muodostaen V- tai Fab -alueen. V: n sisäviivat ovat raskaiden ketjujen päät, kun taas ulommat viivat ovat kevyitä polypeptidiketjuja.
Vasta -aine tai immunoglobuliini on kehon plasmasolujen tuottama proteiini. Kehon immuunijärjestelmä käyttää vasta -aineita tunnistamaan vihamielisistä vieraista esineistä, kuten bakteereista ja viruksista, löydetyt antigeenit ja päästä eroon niistä. Kukin vasta -aine tuotetaan reaktiossa tiettyyn antigeeniin, joka löytyy vieraista hyökkääjistä.
Mitä tulee vasta -ainerakenteeseen, molempien ketjusarjojen yläpäät Fab -alueella tunnetaan antigeenin sitoutumiskohtana. Nämä sitoutumiskohdat vaihtelevat eniten kahden vasta -aineen välillä. Tämä johtuu siitä, että vasta -aine käyttää sitoutumiskohtia kiinnittyäkseen antigeeniin, johon se on suunniteltu kohdistumaan.
Kevyiden ketjujen päät voidaan luokitella joko kappaiksi tai lambdaksi nisäkkäissä, kun taas alemmilla selkärankaisilla on myös iota -muoto. Raskaan ketjun rakenne määrittää vasta-aineen alaluokan. Nämä raskaat ketjut voivat vaihdella kooltaan ja koostumukseltaan. Jotkut niistä koostuvat noin 450 aminohaposta, kun taas toiset noin 550 aminohaposta.
Kunkin vasta -ainetyypin kärki koostuu noin 110-130 aminohaposta. Nämä vinkit on jaettu kahteen alueeseen. Hypervariaabel (HV) -alue sisältää laajimman vaihtelun aminohapoissa, kun taas runko (FR) -alue on vakaampi ja vakaampi. HV -alue koskettaa suoraan antigeenia. Siksi sitä kutsutaan joskus komplementoivaksi alueeksi (CDR).
Vaikka vasta -ainerakenteen yläpää sitoutuu antigeeniin, Fc -alue, joka tunnetaan myös nimellä kiteytyvä fragmentti, määrittää vasta -aineen käsittelyn antigeenin kanssa. Tämä tarkoittaa sitä, että vasta -aine voi säätää ja stimuloida sopivaa immuunivastetta. Vakioalueet voidaan jakaa viiteen isotyyppiluokkaan: immunoglobuliini M (IgM), immunoglobuliini G (IgG), immunoglobuliini E (IgE), immunoglobuliini D (IgD) ja immunoglobuliini A (IgA). Kunkin isotyypin vakioalueen koostumus on identtinen.