Vasta -aineiden sitoutuminen tapahtuu immuunivasteen aikana vasta -aineiden ja spesifisten antigeenien välillä. Antigeenit ovat mitä tahansa soluja tai molekyylejä, jotka keho tunnistaa vieraiksi tai jotka eivät kuulu itselle. Antigeeneillä voi olla monia eri muotoja sairauksia aiheuttavista organismeista, kuten bakteereista ja viruksista, myrkyllisiin molekyyleihin tai allergiaa tuottaviin molekyyleihin, allergeeneihin. Antigeenien läsnäolo kehossa stimuloi immuunijärjestelmän soluja, mukaan lukien ne, jotka tuottavat ja erittävät vasta -aineita.
Vasta -aineet ovat proteiineja, joilla on erottuva perusrakenne. Ne koostuvat neljästä polypeptidiketjusta, joita pitävät yhdessä disulfidisillat, jotka ovat sidoksia, jotka muodostavat rikkiatomien välille. Jokaisella vasta -aineella on kaksi pitkää tai raskasta ketjua ja kaksi lyhyttä tai kevyttä ketjua. Jokainen kevyt ketju löytyy jonkin raskaan ketjun päästä. Neljä ketjua pidetään yhdessä Y -muodossa, mikä mahdollistaa joustavuuden, joten vasta -aineen sitoutuminen voi tapahtua.
Jokainen vasta -aine on spesifinen tietylle antigeenille. Vasta -aineen spesifisyys määräytyy kunkin kevytketjun päässä olevasta antigeenin sitoutumiskohdasta. Kunkin kevytketjun päässä oleva aminohapposekvenssi muodostaa kolmiulotteisen muodon, joka täydentää antigeenin muotoa. Koska kullekin vasta -aineelle on kaksi kevytketjua, on kaksi antigeenia sitovaa kohtaa, joten jokainen vasta -aine voi sitoutua kahteen antigeeniin.
Vasta -aineita on viisi eri luokkaa. Koska ne ovat kaikki pallomaisia proteiineja, jotka on tuotettu osana immuunivastetta, niitä kutsutaan immunoglobuliineiksi, ja jokainen luokka on merkitty kirjaimella G, M, A, D ja E. Vaikka kaikilla immunoglobuliineilla on sama perusrakenne, eri luokat ovat perustuu raskaiden ketjujen eroihin. Kussakin luokassa voi olla monia erilaisia vasta -aineita, joissa spesifinen vasta -aineen sitoutuminen tapahtuu tietyn molekyylin ja sen komplementaarisen antigeenin välillä.
Jokainen vasta -aineiden eri luokista sitoutuu erityyppisiin antigeeneihin ja sillä on erilainen rooli immuunijärjestelmässä. Esimerkiksi immunoglobuliini G, IgG, voi sitoutua kahteen antigeeniin, stimuloi muita immuunijärjestelmän soluja ja voi aiheuttaa agglutinaatiota. Agglutinaatio tapahtuu, kun vasta -aine sitoutuu useiden vasta -aineiden ja antigeenien välille. Tämä voi tapahtua, kun antigeenillä on myös useampi kuin yksi sitoutumiskohta, jonka avulla se voi sitoutua useampaan kuin yhteen vasta -aineeseen. Kun yhä useammat vasta -aineet ja antigeenit sitoutuvat toisiinsa, ne muodostavat paakun tai agglutinaatin, joka auttaa soluja tuhoutumaan antigeeneillä.