Vasta -ainekonjugaatti on merkintämolekyyli, jota voidaan käyttää histologisissa tai entsymaattisissa antigeenin määritysmäärityksissä sitoutuneiden vasta -aineiden paikantamiseksi. Se toimii olemalla fyysisesti kiinnittynyt tai konjugoitu vasta -aineeseen, jota käytetään merkitsemään kiinnostava antigeeni. Vasta -aine, joka on merkitty vasta -ainekonjugaattiin, on työkalu, jota käytetään usein tutkimuksessa tunnistamaan joko tarkka sijainti tai kiinnostavien proteiinien tai antigeenien määrä, joita vastaan vasta -aine tai vasta -aineet on tuotettu.
Histologiset ja proteomiset määritykset perustuvat usein vasta -aineisiin reagenssina tutkimustekniikoissa, joilla spesifiset proteiinit voidaan leimata. Altistamalla kiinnostava antigeeni tai proteiini vasta -aineelle, joka on tuotettu sitä vastaan, antigeenit tai proteiinit voidaan merkitä. Käyttämällä vasta -ainekonjugaattia – toisin sanoen vasta -ainetta, joka on konjugoitu molekyyliin, joka on erityisesti käytetty tai syntetisoitu helposti havaittavaksi – vasta -aineet vastaavista antigeeneistään voidaan sitten tunnistaa ja määrittää. Yleisin vasta -ainekonjugaattityyppi on fluoresoiva molekyyli, joka mahdollistaa antigeenien tunnistamisen kudoksesta fluoresoivalla mikroskoopilla. Muita konjugaatteja ovat molekyylit, kuten piparjuuriperoksidaasi, jota käytetään konjugaatiossa vasta -aineiden kanssa myöhempää kehitystä varten diaminobentsidiinin (DAB) kanssa.
Usein primaarisia vasta -aineita nostetaan spesifisiä antigeenejä vastaan, kun taas toissijaiset vasta -aineet konjugoidaan leimausmolekyyleihin ja nostetaan primaarista vasta -ainetta vastaan. Esimerkkinä voisi kiinnostaa Antigeeni X -nimisen antigeenin tunnistaminen. Tällöin voitaisiin käyttää esimerkiksi hiirellä tuotettua vasta -ainetta, joka reagoi ja tarttuu antigeeniin X. Jotta voidaan löytää, mistä nämä ensisijaiset hiiren vasta -aineet ovat löytäneet ja sidottuina näihin antigeeni X -molekyyleihin, sitten käytettäisiin toissijaista vasta -ainetta – esimerkiksi sellaista, joka on kasvatettu vuohissa -, joka merkittäisiin konjugaatilla, joka tekee tämän toissijaisen vasta -aineen havaittavissa joko entsymaattisissa tai fluoresoivissa mikroskooppimäärityksissä. Antigeenien paikantamiseen elektronimikroskoopilla käytettäessä kultahiukkasia käytetään usein vasta -ainekonjugaattina, koska ne voidaan havaita elektronisuihkulla.
Primaaristen ja sekundaaristen vasta -aineiden käytön syy sen sijaan, että käytettäisiin vasta -ainekonjugaatiota, jossa primaarinen vasta -aine on suoraan konjugoitu, on kustannustehokkuus. Vasta -ainekonjugaatio on kallista ajan ja reagenssien suhteen. Erityisesti harvinaisten antigeenien osalta vasta -aineiden konjugointi primaarisiin vasta -aineisiin ei ole tuotannon kustannusten arvoista. Pikemminkin käyttämällä vasta-aineiden konjugaatiota toissijaisissa vasta-aineissa, suuria määriä konjugoitua vasta-ainetta voidaan syntetisoida kerralla ja käyttää määrityksissä useiden primaaristen vasta-aineiden kanssa, jotka on räätälöity paikantamaan monia erilaisia antigeenejä, mikä tekee tuotantoprosessista kannattavaa ja kustannustehokasta.
Joissakin tapauksissa primaarinen vasta-aine merkitään kuitenkin tunnistussignaalin kohinan vähentämiseksi johtuen lisääntyneestä epäspesifisestä vasta-aineen sitoutumisesta, joka johtuu useiden vasta-aineiden käytöstä. Vaikka tämä kallis, erittäin herkkä määritys vaatii edelleen tätä menetelmää. On mahdollista ostaa sarjoja, joiden avulla tutkija voi merkitä konjugaatit omaan valittuun vasta-aineeseensa, mikä lisää reagenssin kustannuksia, mutta vähentää protokollavaiheita ja mahdollisesti nostaa signaali-kohinasuhdetta lopullisessa vasta-aineiden havaintomäärityksessä.