Vatsan kystaan hoidon tyyppi riippuu tyypillisesti sen tyypistä. Sikiön vatsakystat eivät yleensä vaadi hoitoa ollenkaan ja selviävät itsestään. Munasarjojen kystien hoito voi vaihdella missä tahansa usein seurannasta vain hormonihoitoihin leikkaukseen. Sekä mesenteriset kystat, joita esiintyy vatsan takaseinän vatsakalvossa, että omentalliset kystat, jotka kehittyvät vatsan etuseinämään, vaativat tyypillisesti leikkausta poistamiseksi. Suoliliepeen kystien tapauksessa tarvitaan usein myös lisäleikkausta suolen tai suolien resektioon.
Sikiön vatsakystat ovat joitain yleisimpiä tyyppejä, etenkin naisvauvoilla, jotka ovat altistuneet korkeille hormonitasoille kohdussa. Kun vauva on syntynyt, nämä hyvänlaatuiset kystat yleensä liukenevat itsestään eivätkä vaadi lisähoitoa. Harvinaisissa tapauksissa kysta on riittävän suuri ollakseen uhka lapselle tai se ei yksinkertaisesti selviä itsestään, ja sitten leikkaus voi olla tarpeen sen poistamiseksi.
Munasarjakystat ovat myös melko yleisiä, ja niiden hoito riippuu usein siitä, kuinka vakavia ne ovat. Ensimmäinen toimintatapa on yleensä tarkkailla heitä seuraamaan kasvua ja antaa heille mahdollisuus ratkaista itse. Tätä ei ehkä tapahdu, mutta niin kauan kuin kystat eivät aiheuta ongelmia, hoito ei ehkä ole tarpeen.
Jos munasarjakystat kasvavat, ehkäisytabletteja voidaan antaa niiden kasvun pysäyttämiseksi ja kutistamiseksi. Kipulääkkeet voivat myös olla tarpeen lievittämään niiden aiheuttamaa epämukavuutta. Suuremmille kystille, jotka aiheuttavat voimakasta kipua tai verenvuotoa eivätkä reagoi ehkäisypillereihin, leikkaus voi olla tarpeen. Tilanteesta riippuen tämä voidaan tehdä laparoskooppisesti tai suuremman viillon avulla vatsan seinämään.
Mesenterinen tai omentaalinen vatsakystat voivat olla oireettomia, mutta ne, jotka tarvitsevat hoitoa, vaativat yleensä kirurgisen poiston. Mesenteriset kystat syntyvät vatsakalvon osassa, joka tunnetaan suoliliepeenä, mikä usein asettaa ne suolen ja suolen läheisyyteen. Monissa tapauksissa tämä tarkoittaa, että myös suoli tai suolet on poistettava, kun kysta poistetaan. Omentaaliset kystat, joita tyypillisesti esiintyy vatsan etuseinämässä, voidaan yleensä poistaa ilman lisävaikutusta läheisiin elimiin.